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实验四：蛋白质序列、结构的获取和显示;实验项目四：蛋白质序列、结构的获取和显示 一、 实验目的和要求： 掌握蛋白质序列数据库Uniprot的查询方法及格式特点 掌握蛋白质结构数据库PDB的及格式特点 掌握蛋白质结构显示软件Pymol的使用 ;;2. 数据来源;UniProt的网址： / ;3.数据查询 Uniprot检索号，包括6个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 也可以用关键词检索 ;检索演示;;;9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定。*** 10、低头要有勇气，抬头要有低气。**** 11、人总是珍惜为得到。***** 12、人乱于心，不宽余请。**** 13、生气是拿别人做错的事来惩罚自己。***** 14、抱最大的希望，作最大的努力。**** 15、一个人炫耀什么，说明他内心缺少什么。。***** 16、业余生活要有意义，不要越轨。*** 17、一个人即使已登上顶峰，也仍要自强不息。****;与其他数据库的链接;4. UniProt数据格式;;交叉引用数据库区;序列区;DNA代码;FASTA文件格式;在Uniprot中查询拟南芥的光敏色素phyE编码蛋白的详细信息，阅读序列格式的解释，列出共包含哪几个部分？标出头部区主要字段的含义。 在Uniprot中查询（1）拟南芥油菜素内酯受体gibberellin receptor GID1C 、 （2）水稻独角金内酯水解酶strigolactone hydrolase D14的蛋白质序列，这两个蛋白包含多少个氨基酸？写出它们所对应的mRNA检索号（类似于这样的格式N*_*****）、GeneID号。;二 蛋白质结构数据库;PDB数据库( protein data bank );2.数据来源 通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振，电子显微镜方法等）测定的生物大分子的三维结构。 主要是蛋白质的三维结构，还包括核酸、糖类、蛋白质与核酸复合物的三维结构。 ;3.数据统计 截止2013年11月，PDB数据库已含有95644 个结构数据，其中约92.5%是蛋白质的结构。 ;4.数据查询 PDB中的记录有唯一的PDB-ID，包括4个字符串，可由大写字母A~Z和数字0~9组合而成。 PDB和它的镜像站点提供每个PDB记录的查询，可按一些专门的查询项目（如提交数据、作者姓名、结构表达）进行检索。 ;检索演示;第一步： 输入关键字“HUMAN TEAR LIPOCALIN” 也可输入ID?? ;第二步： 选择人类泪液载脂蛋白1XKI ;数据查看：;;第四步： 1XKI结构展示图 ;;5.数据结构; 在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息；PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。 ;PDB文本文件， 用写字板打开;一级结构;二级结构;连通性部分?;三 结构显示软件-PyMOL简介;点击all中的H，选择everything，隐藏所有 点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质 点击3ODU 中的C ， 选择by ss ， 以二级结构分配颜色， 选择 点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体;点击选择ITD ，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择rename selection，窗口中出现;IDT行点击A 选择find，选择polar contacts，再根据需要选择，这里选择to other atoms in object ,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择red，把氢键显示为红色。 ;接着再显示跟IDT形成氢键的残基;;;在PDB结构数据库中查询（1）拟南芥茉莉酸受体、（2）拟南芥油菜素内酯受体、（3）水稻独角金内酯水解酶的结构，每个蛋白共搜索到几个PDB结构？用Pymol软件观察下载到的结构，对每个蛋白的几个结构有何区别？ 利用Pymol，做出拟南芥茉莉酸受体与茉莉酸结合的作用图，背景白色，分子显示成棍状模型，蛋白显示为cartoon模型。;实验报告;谢谢大家！;9、 人的价值，在招收诱惑的一瞬间被决定。*** 10、低头要有勇气，抬头要有低气。**** 11、人总是珍惜为得到。***** 12、人乱于心，不宽余请。**** 13、生气是拿别人做错的事来惩罚自己。***** 1