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分子进化树构建及数据分析的简介  分子进化树构建及数据分析的简介  mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish, yzwpf  mediocrebeing, rodger, lylover[1], klaus, oldfish, yzwpf        一、引言  一、引言        开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有 开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有 实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香 实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香 园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有 289篇相关的帖 园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有 289篇相关的帖 子（2006年9月12 日）。而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键字搜索， 子（2006年9月12 日）。而以关键字“进化 分析”和“进化”为关键字搜索， 分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关， 分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关， 这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗 这里我保守的估计，大约有3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗 略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：  略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类：  1．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星 1．涉及基本概念。例如，“分子进化与生物进化是不是一个概念”，“关于微卫星 进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak 的模型有没有改进的出现”， 进化模型有没有什么新的进展”以及“关于Kruglyak 的模型有没有改进的出现”， 等等。  等等。  2．关于构建进化树的方法的选择。例如，“用boostrap NJ得到XX 图，请问该 2．关于构建进化树的方法的选择。例如，“用boostrap NJ得到XX 图，请问该 怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请 怎样理解？能否应用于文章？用boostrap test中的ME法得到的是XXX树，请 问与上个树比，哪个更好”，等等。  问与上个树比，哪个更好”，等等。  3．关于软件的选择。例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且 3．关于软件的选择。例如，“想做一个进化树，不知道什么软件能更好的使用且 可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个 可以说明问题，并且有没有说明如何做”，“拿到了16sr RNA数据，打算做一个 系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各 系统进化树分析，可是原来没有做过这方面的工作啊，都要什么软件”，“请问各 位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进 位高手用clustalx做出来的进化树与phylip做的有什么区别”，“请问有做过进 化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。 化树分析的朋友，能不能提供一下，做树的时候参数的设置，以及代表的意思。 还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。  还有各个分支等数值的意思，说明的问题等”，等等。  4．蛋白家族的分类问题。例如，“搜集所有的关于一个特定domain 的序列，共 4．蛋白家族的分类问题。例如，“搜集所有的关于一个特定domain 的序列，共 141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。  141条，做的进化树不知具体怎么分析”，等等。  5．新基因功能的推断。例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树， 5．新基因功能的推断。例如，“根据一个新基因A氨基酸序列构建的系统发生树， 这个进化树能否说明这个新基因A和B 同源，属于同一基因家族”，等等。  这个进化树能否说明这个新基因A和B 同源，属于同一基因家族”，等等。  6．计算基因分化的年代。例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种 6．计算基因分化的年代。例如，“想在基因组水平比较两个或三个比较接近物种 之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化 之间的进化年代的远近，具体推算出他们之间的分歧时间”，“如何估计病毒进化 中变异