介绍几个进化树分析及其相关软件.pdfVIP

如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!  如果您需要使用本文档，请点击下载按钮下载!  大家好：  大家好：  我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分 我在此介绍几个进化树分析及其相关软件的使用和应用范围。这几个软件分 别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN （LINUX）。  别是PHYLIP、PUZZLE、PAUP、TREEVIEW、CLUSTALX和PHYLO-WIN （LINUX）。  在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。  在介绍软件之前，我先简要地叙述一下有关进化树分析的一些方法学问题。  进化树也称种系树，英文名叫 “Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树 进化树也称种系树，英文名叫 “Phyligenetic tree”。对于一个完整的进化树 分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列 （To align  分析需要以下几个步骤：⑴ 要对所分析的多序列目标进行排列 （To align  sequences）。做ALIGNMENT 的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW， sequences）。做ALIGNMENT 的软件很多，最经常使用的有CLUSTALX和CLUSTALW， 前者是在 WINDOW 下的而后者是在 DOS 下的。⑵ 要构建一个进化树 （To  前者是在 WINDOW 下的而后者是在 DOS 下的。⑵ 要构建一个进化树 （To  reconstrut phyligenetic tree）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素 reconstrut phyligenetic tree）。构建进化树的算法主要分为两类：独立元素 法 （discrete character methods）和距离依靠法 （distance methods）。所谓 法 （discrete character methods）和距离依靠法 （distance methods）。所谓 独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的 独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的 （例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由 （例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点，而每个酶切位点的存在与否是由 几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状 几个碱基的状态决定的，也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状 态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决 态，当多个序列进行进化树分析时，进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决 定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进 定了）。而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的。进 化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法 （Maximum  化树枝条的长度代表着进化距离。独立元素法包括最大简约性法 （Maximum  Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依 Parsimony methods）和最大可能性法（Maximum Likelihood methods）；距离依 靠法包括除权配对法 （UPGMAM）和邻位相连法 （Neighbor-joining）。⑶ 对进化 靠法包括除权配对法 （UPGMAM）和邻位相连法 （Neighbor-joining）。⑶ 对进化 树进行评估。主要采用Bootstraping 法。进化树的构建是一个统计学问题。我 树进行评估。主要采用Bootstraping 法。进化树的构建是一个统计学问题。我 们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了 们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟。如果我们采用了 一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的 “进化树”。模拟的进化 一个适当的方法，那么所构建的进化树就会接近真实的 “进化树”。模拟的进化 树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说， 树需要一种数学方法来对其进行评估。不同的算法有不同的适用目标。一般来说， 最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小， 最大简