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系统生物学与信息整合 包含飞 翻译整理上海中医药大学 中医药信息学-标准化研究室200032利用蛋白质-蛋白质相互作用的 数据，蛋白质配偶的特性来分 类蛋白质 对2709种公开发表的酵母菌 Saccharomyces cerevisiae的蛋白质之间的相互作用进行综合分析，建立了 1538种蛋白质之间的2358种相互作用的 统一的大型网络。 根据蛋白质的相互作用的配偶的已知功能把2709种可能的功能判归给蛋白质。此方法正确地为72%的1393种有不止一个已知功能的配对者的特征化蛋白质推测了一个功能种类，也用来推测364种以前的未特征化的蛋白质的功能。 通过这种方法，网络能准确的推测72% 的至少带有一个特征性配对者的1393种 特征性蛋白质。 表1 从蛋白质-蛋白质相互作用预测蛋白质功能与用结合算法（combined algorithm）预测蛋白质功能的比较 蛋白质 从蛋白质相互作用推测 Marcotte等人的推测YNR053C RNA处理/修饰(5/5)转录,细胞组建,核组建, RNA接合(5/5)mRNA转录, mRNA接合 (e: 3, p: 1) BIR1细胞周期控制(2/4) -CNS1细胞张力(2/3)，蛋白质折叠(2/3) 细胞组建,核组建(p:33)YGL161C小泡运输(2/3)，细胞膜融合(2/3) -YIP3小泡运输(3/3) -YMR322C细胞张力(3/3) -YPR105C小泡运输(2/3) -AIP2细胞极性(2/2) 细胞组建, 碳水化合物利用, 碳水化合物代谢, 新陈代谢, 发酵; 能量(e:2,p:4)DUO1有丝分裂(2/4) -EBS1碳水化合物新陈代谢(2/5) -FPR4蛋白质合成(2/3) 细胞组建，转录，核组建 (e:1,two:2)GIP2有丝分裂(2/2) -ISA1蛋白质合成(2/2) 氮硫利用,代谢,氮硫代谢 (p:2)RDI1细胞极性(2/3)G-蛋白质(e: 1)SMY2 RNA接合(2/2)转录;细胞组建, mRNA接合, 核组建，mRNA转录(e:1) YDR100w小泡运输(2/2),细胞质融合(2/2) -YEL015W RNA处理/修饰(2/6) 转录;细胞组建, mRNA接合 核组建, mRNA转录 (e: 1)YER079W信号传导(2/2) -YGL096W RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2)转录;细胞组建, mRNA接合 核组建, mRNA转录 (e: 1)YJL019W染色质/染色体结构(2/2) -YKR030W小泡运输(2/2) -YLR128W细胞极性(2/4) -YLR128W细胞极性(2/4) -YLR269C RNA处理/修饰(2/2),RNA接合(2/2) -YLR368W蛋白质衰变(2/5),氨基酸新陈代谢(2/5) - 细胞周期控制(2/5)YLR435W蛋白质合成(2/2) -YLR456W RNA处理/修饰(2/4)RNA 处理/修饰, mRNA 转录,mRNA 处理(e: 1)YNL311C氨基酸新陈代谢(2/2) -YPL105C RNA接合(2/2)