胃癌geo芯片分析报告.pdfVIP

一、GSE2685 1、数据下载 从 NCBI GEO 公共数据库下载 GSE2685的 Series Matrix File数据文件 ，包含 22个胃癌样本 ，8个健康样本。 2、差异表达 使用 limma R包计算正常组织和胃癌组织的差异表达情况(|logFC|1 P0.05) ，共找到 628个满足条件的差异基因(保存在 2685/1diff/diff.xls)。其 中 350个基因上调(保存在 2685/1diff/diffUp.xlsx) ，278个基因下调(保存在 2685/1diff/diffDown.xlsx)。 表 1 差异基因表格前十个基因 gene logFC AveExpr t P.Value ATP4A -4.480216228 7.635508505 -18 2.73E-18 ATP4B -7.088728078 5.275536945 -15 4.65E-16 GIF -8.766552545 4.686090936 -13.7009