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茯苓基因组和转录组揭示菌核形成及发育机制 近日，GPB在线发表了中国医学科学院“本草基因组协同创新团队”首席专家宋经元课题组联合国内外多家单位完成的题为“The Wolfiporia cocos genome sheds light on the formation for its edible and medicinal sclerotia”的研究论文，报道了茯苓（CGMCC5.78）的基因组和转录组测序及分析结果，为茯苓菌核的遗传育种研究提供了新思路，对于深入开展茯苓新种质培育及其药用资源开发具有重要价值。 研究问题： 茯苓全基因组解析及其活性成分生物合成和菌核形成机制研究 研究方法： 利用二代测序技术破译药用真菌茯苓基因组；通过OrthoMCL方法对候选物种的单拷贝直系同源基因进行鉴定并构建系统发育树揭示物种进化；通过PFAM、BLASTP等方法注释及挖掘茯苓多糖和茯苓三萜等活性成分生物合成相关基因以及调控菌核发育与子实体形成及分化的相关基因。 主要成果1：报道了茯苓CGMCC5.78基因组序列。 主要成果2：发现中国茯苓（CGMCC5.78）（IMPLAD测序）与美国茯苓（MD-104 SS10）（JGI测序）的遗传信息差异。 主要成果3：揭示了茯苓多糖和茯苓三萜的生物合成途径。 主要成果4：鉴定了茯苓菌核形成发育的调节因子及调控网络。 背景介绍 Wolfpooria cocos（F. A. Wolf）Ryvarden＆Gilb是多孔菌科的一种药用真菌，其菌核可食用。所以千百年来，茯苓因兼具药食两用特点而备受青睐，被广泛应用于药物、保健、营养、饮食、美容等领域，如中药、营养保健品、化妆品、保健茶和功能性食品等。茯苓的大型可食用菌核在北美被称为“印度面包”。茯苓也是一种常见的褐腐菌，广泛分布于世界各地。茯苓寄生于针叶树（如松树）和硬木树（如桉树）的根部，通常在靠近寄主的根部形成茯苓菌核。茯苓菌核更是我国传统中药的主要原料药之一。在我国，茯苓具有悠久的用药和栽培历史，产值巨大，市场前景广阔。 真菌菌核是由聚集的营养菌丝组成的坚硬、无性的休眠结构。茯苓菌核的干燥致密物质主要由?-D-葡聚糖型非淀粉多糖组成。茯苓的干燥菌核是许多次生代谢产物的来源，包括多糖和三萜类化合物，它们是茯苓的主要生物活性化合物。从真菌中分离出来的高分子量的多糖具有抗炎作用、免疫调节特性和抗癌活性。从茯苓中分离出大量的(1-3)-?-D和(1-6)-?-D葡聚糖多糖和羊毛甾烷/裂环羊毛甾烷骨架三萜类化合物。尽管美国茯苓菌株的基因组先前已由联合基因组研究所（JGI）公布，并只阐释了茯苓参与木质素降解的机制，但尚未研究茯苓菌核发育和次生代谢产物的生物合成有关的分子机制。而本研究力图通过基因组和转录组数据解析茯苓菌核发育与形成的分子机制，破解制约茯苓产业的难题。 结果与分析 在这项研究中，研究人员在完成茯苓菌种CGMCC5.78的基因组和转录组测序基础上，发现茯苓基因组大小为50.6 Mb，注释到10,908个蛋白编码基因，分析了茯苓和其他真菌基因组中的单拷贝直系同源基因、多拷贝直系同源基因、特有旁系同源基因、其他直系同源基因和未聚类基因的数量（图1A）。 在W. cocos、Postia placenta、Phanerochaete chrysosporium和Schizophyllum communum基因组中，共有1868个orthologs，其中W. coco的特异性orthologs有377个（图1B）。 图1. 茯苓基因组特征 A.单拷贝直系同源基因、多拷贝直系同源基因、特有旁系同源基因、其他直系同源基因和未聚类基因的数量。B. W. cocos、P. placenta、P. chrysosporium和S. Commune中的直系同源基因的数量。 通过比较基因组学分析，揭示了中国茯苓（CGMCC5.78）与美国茯苓（MD-104 SS10）的遗传信息差异。以中国茯苓的全基因组与美国茯苓基因组的Scaffold 1进行序列比对，发现序列相似性平均高达92%（图2A和2B）。但系统发育分析表明这两个W. cocos菌株之间存在遗传差异（图2C）；并且这两个茯苓菌株之间的不同种类的ortholog的数量（图3A和3B）、物种分化时间（图3C）以及基因家族的收缩和扩张（图D）等方面均略有差异。 图2 中国茯苓和美国茯苓基因组比较 A.中国茯苓全基因组与美国茯苓基因组的Scaffold1的序列比较。 B.中国茯苓全基因组与美国茯苓基因组的Scaffold1序列比较的13874个比对区域的相似性分布。 C. 基于ITS2序列比对显示不同茯苓菌株与其他多孔菌属物种的进化关系。 图3茯苓基因组进化分析 A.中国茯苓(IMPLAD)、美国茯苓(JGI)、P.