实验--基因结构预测分析.pdfVIP

学院： ______ 班级 :_______ 学号 :_________ 姓名 :__________ 成绩： ______ 实验五 基因结构预测分析 目的： 1、熟悉并掌握从基因组核酸序列中发现基因的方法。 内容： 1、用 NCBI 的 ORF Finder 分析原核生物核酸序列或真核生物的 cDNA 序列中的 开放阅读框； 2、使用 GENSCAN 在线软件预测真核生物基因； 3、使用 POLYAH 在线预测转录终止信号； 4、使用 PromoterScan在线预测启动子区域。 操作及问题： 随着测序技术的不断发展，越来越多的模式生物启动了全基因组测序计划，完 成全基因组测序的物种也越来越多，使得基因结构和功能的预测成为可能。同时， 通过基因组文库筛选也可得到目的基因所在克隆。获得克隆序列后，同样也需要对 目的基因做结构预测以便指导后续功能研究。本实验介绍几种常用的基因预测分析 工具，预测核酸序列的开放阅读框、转录终止信号、启动子、 CpG 岛等信息。 一、开放阅读框（ open reading frame ，ORF ）的识别 ORF 是指从核酸序列上 5’端翻译起始密码子到终止密码子的蛋白质编码序列。 原核生物与真核生物的基因结构存在很大不同，真核生物的 ORF 除外显子（平均 150bp）外，还含有内含子，因此真核生物基因的预测远比原核生物复杂。 （一）利用 NCBI ORF Finder 预测原核生物核酸序列或真核生物的 cDNA 序列 中的开放阅读框。 /gorf/gorf.html 1 、在 NCBI 上 查 找 AC 号 为 AE008569 的 核 酸 记 录 。（见 实 验 五 中 的 AE008569.mht） 问题 1：这个序列的名称？ 问题 2：这个序列来源物种所属的生物学大分类？ 1 2、进入 OFR Finder，首先在页面下方的 Genetic codes下拉菜单中浏览现有的 22 种遗传密码选择项（这里我们只使用默认的 standard code），利用 AC 号或其 ra w sequence（即不带任何注释信息的全序列）进行 ORF finding 。（ 预测结果见实验 五文件夹中 AE008569 ORF Finder.mht） 3、在结果显示页面中，按照序列的正向 +1、+2、+3 以及反向的- 1、-2、-3 进 行的六框翻译结果以图形的方式显示在页面中。利用默认的 100bp 阈值所发现的各 框内的 ORF 以绿色条状显示。同时，按照六框内所有发现的 ORF 的大小顺序，在 页面的右侧有一个列表，分别显示了 ORF 的翻译框在核酸序列上的位置以及 ORF 的长度。你可以改变 ORF 鉴别中的长度阈值（ 50，100，300），点击 Redraw 重新 进行计算。 4、点击图形上的绿色条框，就可以对这个 ORF 进行检查（当然也可以点击右 侧的 ORF 列表），页面上会显示预测的氨基酸序列，同时页面上还嵌入了 BLAST 程序以及 NCBI 的有关序列数据库以便于发现与此 ORF 相似的库记录。 5、SixFrames 是以另外一种方法计算并显示结果，点击 SixFrames，结果中各 框上边拉下的绿色短线表示为一个起始密码子，而各框下方的粉色短线表示为一个