分子生物学资料：chapter6 Transcriptional regulation in prokaryotes1-1.pptVIP

* Figure 18-6 CAP和Lac抑制子两种调控蛋白分别响应一种环境信号，并将其传递给lac基因。这一调控系统以如下方式起作用：Lac抑制子只在乳糖缺乏的时候才能结合DNA从而抑制转录。在乳糖存在时，抑制子没有活性，不能结合DNA，lac基因能够表达。CAP只在没有葡萄糖的时候才能结合DNA，从而激活lac基因表达。这样两种调控蛋白联合作用保证lac基因在乳糖存在，同时缺少葡萄糖的环境中以显著的水平表达。 当Lac抑制子结合DNA上的操作子区域，就将RNA聚合酶结合的空间占据，使聚合酶无法结合到启动子上，这时，CAP是否存在不重要。CAP募集聚合酶到启动子上。 * Figure 18-7 Lac抑制子结合位点称为操作子。这个双重对称的21bp序列被Lac抑制子的两个亚基识别，每一个亚基结合一个半位点。 * Figure 18-8 当Lac抑制子结合到操作子上时，它是怎样抑制转录的呢？lac操作子与启动子有重叠区，所以当Lac抑制子结合到操作子上时，就阻止了RNA聚合酶在启动子上的结合和RNA转录的起始。使用DNA足迹法和凝胶迁移率分析可以确定蛋白质在lac启动子区域结合位点。这些蛋白质结合的区域都要比核心的DNA序列大，因此，如果两个区域很近就会导致一种蛋白的结合影响另一种蛋白的结合。 * 如何更加快捷地确定DNA序列中的蛋白质结合位点？ 蛋白质与DNA结合可以保护DNA不被核酸酶降解或化学修饰。应用这一基本原理，我们可以检测DNA分子上是否结合了蛋白质以及结合在DNA片段的序列。 核酸酶保护足迹法是最常用的技术。对DNA片段进行末端同位素标记，箭头表示的是Dnase酶切位点，蓝色圆球表示Lac抑制因子蛋白结合在操纵子上。电泳道显示是DNA先与抑制因子蛋白结合，再用Dnase处理的电泳图。“足迹”在侧泳道中显示出来，Lac抑制子结合的序列就是特定大小条带的缺失。 * Figure 7-33 正如电泳迁移率可以确定DNA、RNA或蛋白质的相对大小，它也可以用于检测蛋白质—DNA之间的相互作用。如果一个DNA分子结合了蛋白质，同未结合蛋白质的DNA相比，DNA—蛋白质复合体在凝胶中的迁移率变慢。 电泳位移分析。这是在体外检测蛋白质与特殊DNA序列的结合实验，简称EMSA实验。将一个蛋白质与同位素标记的带有该蛋白结合序列的DNA片段混合。然后将孵育的混合物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。没有与蛋白质孵育的DNA片段只有单一的条带。在与蛋白质孵育的混合物中出现两个条带，一条显示的是没有与蛋白结合的迁移率；另一条迁移率明显变慢，说明有蛋白质与DNA片段结合。因此，可以通过电泳位移分析实验来检测蛋白质与DNA的结合。 * Figure 18-6 在没有CAP的时候，即使没有活化的抑制子存在，RNA聚合酶与lac启动子也只有很微弱的结合。这是因为lac启动子的-35区缺少一个UP元件，而不适合RNA聚合酶结合，这是受激活子控制的启动子的典型特征。所以，聚合酶结合到启动子上很快就会掉下来，不是每次结合都能起始转录，但偶尔也能形成开放式复合体，起始转录。所以转录只是本底水平。 * Figure 18-9 CAP以二聚体的形式结合到CAP位点。当CAP结合到这一位点时，它就会与聚合酶相互作用，将其募集到启动子处并协助其与启动子结合。这一协同结合稳定了聚合酶与启动子的结合。使转录水平迅速提高。 * Figure 13-7 lac启动子的-35区缺少一个UP元件，而不适合RNA聚合酶结合，这是激活子控制的启动子的典型特征。所以CAP结合位点和CAP的结合就相当于将启动子增加了一个类似UP的元件。CAP增强了RNA聚合酶与lac启动子的结合。 * Figure 18-10 当CAP激活lac基因时，其转录激活区结合的是RNA聚合酶α亚基的C端结构域αCTD。lac启动子没有UP元件，αCTD就结合在CAP和附近的DNA上。 这是CAP-αCTD-DNA复合体的晶体结构图。CAP二聚体结合到DNA的CAP位点上，RNA聚合酶的αCTD也结合到DNA上并且与CAP相互作用。每一个CAP单体还结合一分子的cAMP。 * Box 18-1 * Figure 18-11 在了解了CAP怎样激活lac操纵子的转录以及Lac抑制子怎样拮抗这一作用之后，我们来简单了解一下这些调控蛋白是如何识别其DNA结合位点的。 CAP和Lac抑制子以相同的结构模体来结合DNA。 细菌调控蛋白的DNA识别机制大多是相似的，仅在细节上有所不同。一般情况下，蛋白质以同源二聚体的形式结合到反向重复DNA序列的位点上。蛋白质靠一种保守的二级结构螺旋-转角-螺旋识别特异的DNA序列。这一结构域由两个α螺旋组成，其中一个是识别螺旋能够进入DNA的大沟中，利用其表面的氨基酸残