《基因组学》（第4版）-复旦大学 3-第1章 基因组-DNA RNA 蛋白质.pptVIP

第一章 基因组 1) 什么是基因组学 2）遗传的分子基础 3) 基因组顺序复杂性 4) 基因与基因家族 5) 基因组的结构特征 什么是基因组学 基因组（genome）一词系由德国汉堡大学H.威克勒教授于1920年首创，用以表示真核生物从其亲代所继承的单套染色体，或称染色体组。准确地说，基因组是指生物整套染色体所含有的全部DNA序列 基因组学（genomic）一词系由T.罗德里克于1986年首创，用于概括涉及基因组作图、测序和整个基因组功能分析的遗传学学科分支，并已用来命名一个学术刊物Genomics。 基因组学的主要特点 基因组学与传统遗传学其他学科的差别： 基因组学是在全基因组范围研究基因的结构、组成、功能及其进化。涉及大范围高通量收集和分析有关基因组DNA的序列组成，染色体分子水平的结构特征，全基因组的基因数目、功能和分类，基因组水平基因表达与调控以及不同物种之间基因组的进化关系。 基因组学的研究方法：利用生物信息学技术处理海量的数据。 遗传的分子基础 1) DNA的化学与生物学 2) RNA的化学与生物学 3) 蛋白质的结构与生物学 DNA的结构特点 1）DNA由两条具有极性的互补单链组成 2) 两条互补单链走向相反 3) DNA双螺旋大小沟槽交替排列 4）碱基配对原则：A-T，C-G，A-T配对形成 2对氢键，C- G配对形成3对氢键. 5）每旋转一圈为10.5 bp (碱基对) 核苷酸的化学极性与生物学 1) DNA的合成具有方向性, 造成前导链 与延迟链复制方式的差异; 2) DNA的降解具有方向性, 3’→5’ 和5’→3’ 的降解由不同的酶执行; 3) 遗传密码的编排具有方向性, 只有正 链才具有编码功能; 4) 转录也具有方向性，5’→3’. DNA双螺旋的生物学 1) DNA的双螺旋使DNA的复制复杂化, 必需一套 解旋机制; 2) DNA双螺旋的大小沟具有结构信息,许多蛋白 质都与大沟结合; 3) DNA双螺旋产生了环状DNA和长链DNA分子的拓 扑学构像变化； 4) DNA双螺旋的螺距10.5 bp, 转录因子结合在DNA双螺旋的同一侧。 DNA双螺旋 DNA大小沟的结构信息-位于DNA大小沟中的碱基基团和原子空间位置 蓝色圈-H位置为提供氢键的供体，红色圈(-N)为氢键受体。黄色圈(-CH3)为疏水性甲基基团，白色圈(-H)不提供氢键的氢原子。DNA双螺旋大沟提供了更多的空间结构信息。 DNA双螺旋拓扑学结构 碱基互变异构体可导致错配 碱基动态互变异构体可引起DNA复制和mRNA翻译差错 Hashim Al-Hashimi及同事利用核磁共振研究碱基互变异构体（tautomer）对DNA复制和mRNA翻译时碱基配对的影响，发现碱基互变异构体发生的频率与复制和翻译差错频率大致相当。 Initial selection of NTPs during replication, and tRNAs during translation, strongly relies on WC stereoche- mical geometry as a means of discriminating against mispairs. The lowerror rate (-10-3 to -10-6) during initial selection accounts for most of the overall fidelity of replication(-10-6 to -10-10) and translation (-10-3 to -10-5). Nature, 519:315-319，2015 螺距长为10碱基对 每一轮双螺旋由10碱基对组成, 这一结构具有多 种生物学意义: 1) 决定了启动子与转录起始点的相对位置。 2) 转录因子与DNA结合在同一侧面。 3) 引起DNA弯曲---A/T碱基对的平面有点倾斜, G/C较平整. 在周期性重复的(A/T)5-6与 (G/C)4-6序列, DNA分子会发生弯曲。弯曲 DNA在基因表达调控中具有重要意义。 4) 影响在核小体上DNA碱基对的朝向。 RNA的结构与生物学 1) 生物体内几乎所有的RNA分子均为单链。 2) RNA分子中对应于DNA中胸腺嘧啶(T)的碱基 由尿嘧啶(U)取代。