KEGG数据库使用教程全解.pdfVIP

KEGG 数据库使用教程全解 自“一抹新绿的博客”转载KEGG 中的 pathway 是根据相 关知识手绘的 ,这里的手绘的意思可能是指人工以特定的语 言格式来确定通路各组件的联系；基因组信息主要是从 NCBI 等数据库中得到的，除了有完整的基因序列外，还有 没完成的草图；另外 KEGG 中有一个“专有名词” KOKEGG（ Orthology ），它是蛋白质（酶）的一个分类体系，序列高度 相似，并且在同一条通路上有相似功能的蛋白质被归为一组， 然后打上 KO （或K ）标签。下面就首先来讲一下 KEGG orthology 。 任找一个代谢通路图，在上方有 pathway meue | payhway entry | Show(Hide) description | 这 3 个选项，点击 pathway entry, 出现了一个页面，这个随时被连接出来的页面相信大 家一定再熟悉不过了。在这个页面中的 pathway map 项中点击按钮状的链接 Ortholog table 。就进入了 Ortholog table 如下的页面： 在这个表中，行与物种对应， 3 个字母都是相应物中的英文 单词缩写，比如 has 表示 Homo sapiens ，mcc 表示 Macaca mulatta ；列就表示相应的 Ortholog 分类，比如 K00844 就 表示生物体内的己糖激酶 hexokinase 这一类序列和功能相似的蛋白质类（酶类） 。如上图 has 后 有 3101 ，3098 ，3099 这 3 个条目，它表示在人类细胞中中 存在 3 中不同的己糖激酶， 它们分别由以上这 3 组数字代表 的基因所编码，这 3 组数字应该是这 3 个基因的登录号。空 白则表示在该物种中不存在这种酶。 点击 K00844 则这一 KO 分类信息及成员列表都可显示出来； 点击 has 则链接到物种（人类）基因组去了；点击 P ，则显 示相应的代谢通路。下面我们点击 3101 ，如下： 如上图，就是我们常见的一个页面， 3101 是 KEGG 中的基 因 ID （登录号）， H.sapiens 表示物种，然后是基因的名称，表达的酶，属于 哪个 KO 分类以及参与哪些代谢途径；下面还有结构、序列 信息等等。 所以从 Ortholog table 中可以很容易地知道一张代谢通路上有哪些 KO 分类 （酶类），并且这些酶类的成员在各物种中分配存在的情况 以及特定的名称。 怎么看 KEGG 中代谢通路图 比如以上这个图，方框一般就是酶，方框里面的 不 是 IP 而是 EC 编号；小圆圈代表代谢物，你把鼠标放上去， （别放我这上面，放 KEGG 中去）会出现 C00668 的东西， C 代表 compound ，00668 是这种化合物在 KEGG