蛋白质结构预测.pptxVIP

第七章蛋白质结构预测 主讲人：孙啸 制作人：刘志华;第一节引言;?蛋白质结构预测问题;结构预测问题;解决方法;寻找一种从蛋白质的氨基酸线性 序列到蛋白质所有原子三维坐 标的一种映射;?蛋白质结构预测主要有两大类方法： (1) 理论分析方法 -通过理论计算(如分子力学、分子动力学计算) 进行结构预测。 (2) 统计的方法 -对已知结构的蛋白质进行统计分析，建立序列到 结构的映射模型，进而对未知结构的蛋白质根据 映射模型直接从氨基酸序列预测结构。 -包捡 _______________________ -经验性方法 ?结构规律提取方法 亠。同源模型化方法■ 亠Y;第二节 蛋白质二级结构预测;二级结构预测;1、二级结构预测概述 -蛋白质的二级结构预测的基本依据是： 每一段相邻的氨基酸残基具有形成一定二 级结构的倾向。 -二级结构预测问题是模式分类问题 -二级结构预测的目标： -判断每一段中心的残基是否处于以螺旋、P折叠、 转角（或其它状态）之一的二级结构态，即三;基本策略（1） 相似序列一相似结构;c;?二级结构预测的方法大体分为三代:;?这些算法可以归为几类:;?第一代和第二代预测方法对三态预测的准确;2、蛋白质二级结构预测方法 (1)经验参数法 ?蛋白质二级结构的组成规律性比较强;?每种氨基酸出现在各种二级结构中倾向或者 频率是不同的 例如：Glu主要出现在a螺旋中 Asp和Gly