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* 在经典力学中,一个运动系统的状态我们可以用位置和动量来描述。 而对于微观粒子,由于其具有波粒二象性的特点,我们用波函数描述微观粒子运动状态。 知道了波函数后,粒子的任何一个力学量的平均值以及它取各种可能测量值的几率都完全确定,力学量的平均值就可以求出来了。 * 次年Kohn 和Sham受Hartree 自洽场方法的启发,导出了KS方程, 求解该方程可以得到KS“轨道”。该轨道不同于HF 中的分子轨道, 但至今二者之间的关系尚不明了。KS 方程中的“交换 - 相关” (exchange-correlation) 泛函必须通过近似方法确定,最简单的近似是局部密度近似( local density approxima-tion , LDA), 更准确的方法包括加入密度梯度校正( generalized gradient approximation , GGA) 以及采用经验内插的混合方法,如B3L YP。 * 次年Kohn 和Sham受Hartree 自洽场方法的启发,导出了KS方程, 求解该方程可以得到KS“轨道”。该轨道不同于HF 中的分子轨道, 但至今二者之间的关系尚不明了。KS 方程中的“交换 - 相关” (exchange-correlation) 泛函必须通过近似方法确定,最简单的近似是局部密度近似( local density approxima-tion , LDA), 更准确的方法包括加入密度梯度校正( generalized gradient approximation , GGA) 以及采用经验内插的混合方法,如B3L YP。 * (这里的“大”是个相对概念, 随着时间推移而递增) 如一般用谐振动表达的键拉伸(bond stretching) 和键角弯曲(angle bending) , 用余弦函数线性组合表达的扭曲( torsion) 作用,以及不同作用的交叉项(cross terms) 如拉伸-拉伸、拉伸-弯曲、拉伸-扭曲、弯曲-扭曲等; 此外还有“非键项”,包括范德瓦耳斯作用和静电作用。 * (这里的“大”是个相对概念, 随着时间推移而递增) 如一般用谐振动表达的键拉伸(bond stretching) 和键角弯曲(angle bending) , 用余弦函数线性组合表达的扭曲( torsion) 作用,以及不同作用的交叉项(cross terms) 如拉伸-拉伸、拉伸-弯曲、拉伸-扭曲、弯曲-扭曲等; 此外还有“非键项”,包括范德瓦耳斯作用和静电作用。 * 通过量子力学层次的计算可以得到单个分子(或少量分子集团) 许多重要的性质, 而工程更多关心的是物质的宏观性质,如热力学性质(状态方程、比热容、相变等) 、传递性质(扩散系数、热导率、电导率、黏度等) 以及力学性质、流变学性质等。这些性质都是大量分子行为统计平均的结果。 统计力学正是沟通分子间微观作用和物质宏观性质的桥梁。 * 介观层次的长度标度在10 nm~10μm 之间,而边长为10μm 的立方体将包含高达1015个原子, 对如此巨大的体系进行模拟是难以想像的。 另一方面时间标度往往超过100 ns ,大大超过了目前MD所能模拟的时间(一般不足纳秒级 )。 我将来 准备做。。。 也有相类似 研究兴趣 想法的同学 , 可以直接单独来找我。 * 研究点 大量的问题存在,理论的实际的 有大量工作可以去做 * * 美国著名化工科学家James Wei 教授认为计算化学及分子设计对于化工新产品、新材料、生物医药制品等的开发起至关重要的作用,他甚至提出从分子结构出发推算产品性质将会为化学工程的发展带来第3 个里程碑 1998年诺贝尔化学奖获得者 量子化学已经发展成为广大化学家所使用的工具,将化学带入一个新时代,在这个新时代里实验和理论能够共同协力探讨分子体系的性质。化学不再是纯粹的实验科学了。 —— John A. Pople 七、分子力学方法 以上介绍的量子力学( quantum mechanics ,QM) 方法在计算中都涉及到了电子的运动情况,因而计算量很大,目前还不能进行“大”分子的计算。对于像聚合物、蛋白质、核酸等在当今化学中备受关注的大分子,不得不用分子力学(molecular mechanics , MM) 方法来处理。 分子力学从本质上说上是能量最小值方法,即在原子间相互作用势的作用下, 通过改变粒子分布的几何位型, 以能量最小为判据, 从而获得体系的最佳结构。 其中Ec 是键的伸缩能,Eb 是键角弯曲能,Et 是键的二面角扭转能,Enb 是非键作用能,它包括van der Waals作用能,偶极(电荷)作用能、氢键作用能
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