淋巴瘤基因捕获芯片及其应用发明专利.pdfVIP

(19)中华人民共和国国家知识产权局 (12)发明专利申请 (10)申请公布号 CN 109385666 A (43)申请公布日 2019.02.26 (21)申请号 201710652698.9 (22)申请日 2017.08.02 (71)申请人 深圳华大基因股份有限公司 地址 518083 广东省深圳市盐田区洪安三 街21号华大综合园7栋7层-14层 申请人 天津华大医学检验所有限公司　 广州华大基因医学检验所有限公司 (72)发明人 杨颖　蔡宇航　陈希　王春丽　 叶明芝　倪培相　 (74)专利代理机构 北京清亦华知识产权代理事 务所(普通合伙) 11201 代理人 赵天月 (51)Int.Cl. C40B 40/06(2006.01) C40B 50/06(2006.01) 权利要求书2页 说明书43页 (54)发明名称 淋巴瘤基因捕获芯片及其应用 (57)摘要 本发明提出了一种淋巴瘤基因捕获芯片。该 芯片包括：基体，探针，所述探针设置在所述基体 上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之 一。该芯片包括了常见高发淋巴肿瘤各亚型的相 关Driver Gene、高频突变基因、癌症相关5条信 号通路中的重要基因、靶向药物及化疗药物药物 敏感和耐药相关基因；可用于对淋巴瘤相关基因 的单核苷酸位点变异(SNV)、Indel insertion插 入或deletion缺失(Indel)、基因拷贝数变异 (CNV)和染色体结构变异(SV)的检测，可实现对 淋巴瘤各亚型的检测；有效用于淋巴瘤的早期筛 查、辅助诊断、用药指导以及复发监控。 A 6 6 6 5 8 3 9 0 1 N C CN 109385666 A 权　利　要　求　书 1/2页 1.一种淋巴瘤基因捕获芯片，其特征在于，包括： 基体， 探针，所述探针设置在所述基体上，所述探针特异性识别表1所示基因的至少之一。 2.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述探针特异性识别表1所示基因的80％、 85％、90％、95％、98％或99％。 3.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述探针进一步特异性识别表2所示融合 基因的至少之一， 其中，所述融合基因的断点如表3所示。 4.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述芯片是以罗氏的Nimblegen EZ芯片为 基体的液相芯片。 5.根据权利要求1所述的芯片，其特征在于，所述淋巴瘤为高发淋巴瘤，所述高发淋巴 瘤包括弥漫性大B细胞淋巴瘤、生发中心B细胞淋巴瘤、滤泡性淋巴瘤、套细胞淋巴瘤、伯基 特淋巴瘤、边缘区B细胞淋巴瘤、毛细胞淋巴瘤、外周/皮肤T细胞淋巴瘤、间变性大细胞淋巴 瘤、慢性淋巴瘤细胞白血病、小淋巴细胞淋巴瘤、结节性边缘区淋巴瘤、NK/T细胞淋巴瘤和 霍奇金淋巴瘤中的一种或多种。 6.一种建库方法，其特征在于，包括： 将待测基因片段进行末端修复、末端加A、加接头以及第一PCR扩增处理； 将扩增处理产物与权利要求1～5任一项所述的芯片进行杂交；以及 将杂交处理产物进行第二PCR扩增处理，以便获得测序文库。 7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述待测基因片段是通过下列方式获得 的： 1)提取淋巴肿瘤组织基因组DNA，作为第一待测基因； 2)提取外周血血浆游离肿瘤DNA或血浆游离DNA，以便获得第二待测基因片段，所述第 二待测基因片段的大小为150～190b