宏基因组学的研究样本.pdfVIP

宏基因组学研究进展及其应用 摘要： 本文先简要简介了当前生物化学某些研究热点，再针对宏基因组学展开阐 述，简介了宏基因组学产生背景和概念，当前研究进展及应用。 宏基因组学尝试通过免培办法获得微生物纯培养，重要技术涉及 DNA 提 取、文库构建和目的基因克隆筛选，可用于开发新型酶、发现新基因、筛选医药 等方面。 核心字：宏基因组学；宏基因组学基本方略；文库构建与筛选；宏基因组学研究 进展及其应用 引言： 微生物是地球上种类最多、数量最大、分布最广生物群。仅原核生物(细菌 和古细菌)即构成地球生物总量25～50 %[1] 。自然条件下，涉及病毒在内微生物 , 通过群落广泛参加 C 、N 、O 和 S 等重要元素循环转化，在人体食物消化、毒 [2] 素降解及机体免疫反映，环境污染物降解等方面发挥着重要作用 。人们对于微 生物研究重要是建立在纯培养基本上，日后人们发现通过纯培养办法预计环境微 生物多样性只占总量 0.1%~1%[3] ，多达 99% 以上微生物是不可培养，其中蕴含 [4] 着巨大应用潜能——其代谢产物中也许有众多具备应用开发价值化合物 。为了 研究不能培养微生物，一种全新理念——宏基因组学应运而生，该技术不需预先 培养就能开发这些微生物基因组，当前已广泛应用于微生物活性物质开发与运 [5] 用、环境微生物种群分布及动态变化分析等方面研究 。 宏基因组学提出为解决上述问题提供了一种可行途径。宏基因组学以生境中 所有DNA 作为研究对象，通过克隆、异源表达来筛选有用基因及其产物。由于 突破了老式研究领域无法涵盖不可培养微生物瓶颈，宏基因组学概念及研究办法 一经提出，就被广泛接受。尽管在办法上还存在一定缺陷，但并不妨碍不同领域 学者运用该办法来研究各种生境中微生物生态以及筛选功能基因热情，关于宏基 [4] 因组学研究文章逐年增多 。 1. 宏基因组学概念 宏基因组( metagenome) 概念是指从生境样本中获得所有微生物基因组，而不 是采用老式培养微生物基因组。宏基因组样本既涉及可培养微生物，也涉及更大 [6] 量老式办法无法研究不可培养微生物 。而所谓宏基因组学 (也称元基因组学Metagenomics 、微生物环境基因组学 Microbial Environmental Genomics、生态基因组学 Ecogenomics ) 就是一种以环境样品中微生物群体基因 组为研究对象，以功能基因筛选和测序分析为研究手段，以微生物多样性、种群 构造、进化关系、功能活性、互相协作关系及与环境之间关系为研究目新微生物 [7] 研究办法，普通涉及克隆、构建文库和功能分析筛选等工作 。 2. 宏基因组学基本方略及办法 2.1宏基因组学基本方略 宏基因组学研究还处在初期发展阶段，但其研究基本过程和基本方略已基本 清晰。在此要强调是，宏基因组学研究有着明确指引思想，它是在反向生物学原 则指引下，基于特定生态环境基本上，根据整体、系统、动态变化和互相作用观 点，运用特殊技术路线和办法，对研究范畴中所有基因组展开研究学科。 宏基因组学是一种整体性研究方略，它建立在微生物基因组学迅速发展和聚 合酶链式反映广泛应用基本之上，是一种不依赖于人工培养微生物基因组分析技 术，涵盖了生物信息记录分析和基因组两方面意义和技术，其方略是从特定环境 中直接分离所有微生物DNA ，将大片段DNA 克隆到受体菌中表达，然后依照 某些生物活性筛选有应用价值克隆。[8] 2.2宏基因组学研究基本办法 宏基因组学以基因组技术为基本，基本程序涉及：环境样品中宏基因组提取， 将DNA 克隆到载体中;载体转化宿主细菌建立环