人类心房颤动遗传学中的下一代测序.docxVIP

介绍 当国际人类基因组测序联盟于2001年2月在《自然》杂志上发表了人类基因组的初稿时，这是一 项新颖的基准成就。该文章概述了整个基因组30亿个碱基对的序列。人类基因组计划的目的是提供 一个己知且可靠的遗传信息平台，以更好地了解人类DNA序列并识别所有基因。最终，全序列完成 并出版2003年4月， 此外，预计从绘制基因组中获得的知识将导致开发新的诊断分析、靶向治疗和更有效的预测疾病发作、 严重程度和进展的方式。随着人类基因组慢慢变得越来越清晰，并被医学界更好地理解，它将对医疗 实践产生重大影响。最近，遗传信息被用于识别罕见和未确诊遗传疾病的突变，以帮助选择最适合特 定基因型的疗法。一一许多并行化的高通量技术（例如微阵列和下一代测序）使这成为可能。在这篇 综述中，我们讨论了高通量技术在寻找重要的人类心律失常、心房颤动的易感基因或疾病机制方面的 可能应用。 下一代测序技术 在过去儿年中，自动化Sanger测序在基因组分析中的应用发生了根本性的转变。自动化Sanger方 法被认为是“第一代”技术，较新的方法统称为下一代测序（NGS）。 这些不断发展的主要下一代测序技术各有利弊，表1以概览形式列出了这些技术。 表格1 列出优缺点的主要下一代测序技术概述 平台 读取长度（碱基） 吞吐量（每次运行） 优点 缺点 罗氏454 GS初级 400 35兆字节 更长的读取长度会改善 吞吐量低 重复区域映射 复杂数据分析 运行时间快 低成本仪器 生命固体 35-75 30 Gb 低错误率 复杂数据分析 灵活性和可扩展性 仪器成本高 序列生成 Illumina MiSeq 35-150 1.5-2 Gb 低成本仪器 复杂数据分析 低错误率 数据生成成本高 运行时间短 可接受的读取长度 高水平的多路复用 平台 读取长度(碱基) 吞吐量(每次运行) 优点 缺点 离子激流个人 100-200 1 Gb 直接信号检测 吞吐量低 基因组机器 运行时间短 可接受的读取长度 太平洋生物科学 3000-5000 100兆字节 超长阅读 仪器成本高 帕比奥RS 极高的精度 测序成本高 最短运行时间 下一代测序应用 RNA 序列(RNA-seq) NGS技术可用于许多应用，包括RNA序列(RNA-seq)o转录组是一组转录本，包括细胞中的 mRNA、非编码RNA和小RNA,以及它们的数量。了解转录组对于解释特定的发育阶段、生理状 况和疾病至关重要。RNA-seq包括通过对感兴趣的目标区域或全基因组重新测序、细菌和真核生物 基因组的从头组装以及对细胞、组织和生物体的转录组进行编目来发现变异。心房重构是心房颤动的 主要机制。心房重构的RNA表达谱可以检测心房对这种复杂心律失常的适应，并识别参与该机制的 基因，或使这种复杂心律失常持续的机制。以前，互补DNA微阵列已被用于研究心房颤动中的表达 谱。微阵列基于一组预先指定的基因筛选基因表达作为参考。在使用NGS的RNA测序中，没有先 验地指定基因，新的测序技术对心房组织中存在的所有RNA (转录组)进行测序，并在心房颤动患 者的心房组织和对照的心房组织之间进行比较，以确定哪个基因(s)在心房颤动的生理适应过程中被 激活，或心房颤动的机制。 芯片序列(ChlP-seq) 一种用于分析蛋白质与DNA相互作用的新方法是染色质免疫沉淀和测序(ChlP-seq)o该ChlP-seq 将染色质免疫沉淀(ChIP)与大规模平行DNA测序相结合，以识别DNA相关蛋白的结合位点。它 可用于精确绘制任何感兴趣蛋白质的全局结合位点，并且是一种对DNA结合蛋白、组蛋白修饰或核 小体进行全基因组分析的技术。这种ChIP-on-chip技术是用于研究这些蛋白质?DNA关系的最常用 技术。由于采用了新一代测序技术，ChlP-seq比之前基于阵列的方法ChlP-chip具有更高的分辨率、 更低的噪音和更大的覆盖范围。NGS技术可用于筛选DNA结合蛋白的全基因组分析，表观遗传标 记和染色质结构(ChIP-seq^ methyl-seq和DNase-seq)。ChIP也已成为了解转录级联和解释染色质 中编码信息的有用工具。此外，在测序之后，ChlP-seq成为主要的分析方法。为了从ChlP-seq数据 中提取最多的信息，与其他数据类型的综合分析将是必不可少的。例如,ChlP-seq数据与RNA-seq数 据的整合可能导致基因调控网络的阐明以及转录组和表观基因组之间相互作用的表征。 ChlP-seq在心房颤动中的应用包括对参与心房颤动机制的特定转录因子(如STAT3)进行遗传分析, 并通过甲基-seq建立那些可能有助于识别参与心房颤动表观遗传机制的新基因的表观基因组标记。心 房颤动，以前从未解决过。 宏基因组学 另一种方法是宏基因组学，它基于微生物DNA的基因组分析