6.3 蛋白质翻译后修饰分析-文档.pdfVIP

6.3 蛋白质翻译后修饰分析 蛋白质序列的翻译后修饰分析包括信号肽分析、亚细胞定位、糖基化修饰等。 这些性质多半可直接由分析其序列而获得，并且这些性质大多与蛋白质的结构和 功能相关，比如羧基端含有 KDEL 序列特征的蛋白质将被引向内质网，从而通 过确定其亚细胞预测其功能。又如，亚细胞定位与功能相关，因为蛋白质必须在 一定的细胞位置与一定的蛋白质相互作用才能完成特定的功能。蛋白质如果没有 定位到正确的细胞位置还可能引起比如cancer 和Alzheimer 等疾病。另外，细菌 的extracellular 蛋白可以沿着类似的default pathway 进入到真核生物细胞中。更 进一步，通过与某些真核生物蛋白形成复合体进入特定的亚细胞位置，从而激发 或抑制某些特定的细胞功能，甚至直接导致细胞死亡。这对于疾病治疗和预防， 如治疗癌症，以及寻找疾病疫苗或生物制剂药物，如构造细菌武器及其治疗疫苗 等具有重要意义。再如，蛋白质的磷酸化和去磷酸化几乎调节着生命活动的所有 过程，包括细胞的增殖、发育和分化，神经活动，肌肉收缩，新陈代谢，肿瘤发 生等。尤其在细胞应答外界刺激时，蛋白质磷酸化是目前所知道的最主要的信号 传递方式。如在中枢神经系统中，几乎所有的兴奋性神经递质信号受体调控的方 式都是磷酸化与去磷酸化。 SignalIP SignalP 可以对革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌和真核生物的蛋白质序列进行 信号肽分析。预测采用了隐马尔可夫和人工神经网络技术的融合。其训练数据是 从SwisProt 第29 版中挑选来的，分为真核生物，革兰氏阳性菌，革兰氏阴性菌 三组。 除了 SignalP 可以对蛋白质序列进行信号肽分析外，还有诸如 Phobius 、 Philius 、Spoctopus、Signal-3L、MEMSAT-SVM、LipoP 、SecretomeP、TatP 等均 可以预测和分析蛋白质信号肽。 NetOGlyc 和NetNGlyc 分别分析O-连接糖链和N-连接糖链的连接位点，判断待分析蛋白是否可能 发生糖基化。 蛋白质氨基酸位点特异修饰分析 NetAcet 用于预测和分析蛋白质乙酰化位点。 NetPhos 用于预测和分析蛋白质磷酸化位点。 NMT 用于预测和分析蛋白质肉豆蔻酰化位点。 PACMAN 用于预测和分析蛋白质甲基化位点。 PrePS 用于预测和分析蛋白质异戊二烯化位点。 SUMOplot 用于预测和分析蛋白质SUMO 化位点。