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生物信息学
第六章
蛋白质分析
6.3 蛋白质翻译后修饰分析
分析蛋白质翻译后修饰
◆ 信号肽序列的特征
❖ 20 －35 个氨基酸
❖ 富含疏水氨基酸的片段
❖ 至少有一个带正电荷的氨基酸
Bioinformatics tools for prediction of secretion signals
1. 分析信号肽及其剪切位点
在“CBS Prediction Servers”主页“Protein
sorting”栏目选择“SignalP”分析软件
(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/ )
在SignalP网页选择物种参照和分析方法，粘贴序列
分析结果
分析革兰氏阴性菌脂蛋白信号肽LipoP
分析信号肽及其剪切位点的其他网站：
Signal-3L: A 3-layer approach for predicting signal peptides
/bioinf/Signal-3L/
PrediSi: PREDIction of SIgnal peptides
http://www.predisi.de/
Phobius: A combined transmembrane topology and signal peptide predictor
http://phobius.sbc.su.se/
PEPLip: Predictor of Signal Peptide and Lipoprotein Cleavage Sites in Proteins
http://gpcr.biocomp.unibo.it/cgi/predictors/spep/pred_spepcgi.cgi
2. 分析糖链连接点
◆ 糖链连接方式
❖ O －连接：丝氨酸、苏氨酸、羟赖氨酸的羟基
❖ N －连接：天门冬酰氨的酰氨基
◆ 分析方法（1 ）：分析O －连接糖蛋白
在“CBS Prediction Servers”主页“Post-
translational modifications of proteins”栏目选择
“NetOGlyc” 软件分析O －连接糖链的连接位点
在NetOGlyc网页粘贴序列
分析结果
其他预测工具：
/gal_p/
http://comp.chem.nottingham.ac.uk/cgi-bin/glyco/bin/getparams.cgi
/zzd_lab/CKSAAP_OGlySite/index.html
/EnsembleGly/predict.html
◆ 分析方法（2 ）：分析N －连接糖蛋白
在“CBS Prediction Servers”主页“Post-
translational modifications of proteins”栏目选择
“NetNGlyc” 软件分析N －连接糖链的连接位点
在NetNGlyc网页粘贴序列
分析结果
分析蛋白质的表观修饰位点
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