6.2 膜蛋白分析生物化学.pdfVIP

生物信息学 第六章 蛋白质分析 6.2 膜蛋白分析 ◆ 膜蛋白种类 ❖ 膜整合蛋白（跨膜）integral (transmembrane) ❖ 膜锚定蛋白 membrane-anchored ❖ 外周膜蛋白 peripheral ①、②膜整合蛋白；③、④膜锚定蛋白；⑤、⑥外周蛋白 膜蛋白质结构特征 ◆ 膜整合蛋白的跨膜区一般形成 －螺旋 ◆ 膜锚定蛋白的形成 ❖ 直接与脂双分子层连接 ❖ 通过糖分子间接与脂结合 如：糖基化磷脂酰肌醇 （GPI ） 1. 预测膜整合蛋白的跨膜区 在SOSUI主页选择分析“SOSUI” (http://harrier.nagahama-i- bio.ac.jp/sosui/sosui_submit.html ) 在SOSUI ：Submit a protein sequence网页粘贴序列 分析结果（1 ）、 （2 ） ◆ 其它分析软件 ❖ DAS ：分析原核生物蛋白质的跨膜结构 (http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/maindas.html ） ❖ TMpred ：分析蛋白质的跨膜结构和在膜上的方向 (/software/TMPRED_form.html ） ❖ HMMTOP: 分析蛋白质跨膜结构和方向 (http://www.enzim.hu/hmmtop/html/submit.html) ❖ TopPred: 分析细胞膜蛋白拓扑结构 (http://mobyle.pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::toppred) ❖ TMHMM: 分析蛋白质跨膜结构 (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/) 2. 分析膜锚定蛋白的GPI位点 注意：GPI修饰发生在内质 网，所以只有当蛋白含信号 肽才可能被GPI修饰 Bioinformatics tools for prediction of membrane anchors TMHMM http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/ MEMSAT3 http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/software_downloads/memsat/ HMMTOP http://www.enzim.hu/hmmtop/index.php TMpred /software/TMPRED_form.html DAS http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS TOPCONS http://topcons.cbr.su.se/ PRED-TMR http://athina.biol.uoa.gr/PRED-TMR/ TopPred 1.10 http://mobile.Pasteur.fr/cgi-bin/portal.py?#forms::toppred CCTOP http://cctop.enzim.ttk.mta.hu/ PRED-TMBB http://bioinformatics.biol.uoa.gr/PRED-TMBB/ 在“GPI Lipid Anchor Project”栏目选择“big-PI Predictor ”分析软件 在big-PI predicto