6.1 蛋白质性质和结构分析-文档.pdfVIP

6.1 蛋白质性质和结构分析 传统的生物学认为，蛋白质的序列决定了它的三维结构，也就决定了它的功 能。由于用X 光晶体衍射和NMR 核磁共振技术测定蛋白质的三维结构，以及用 生化方法研究蛋白质的功能效率不高，无法适应蛋白质序列数量飞速增长的需 要，因此近几十年来许多科学家致力于研究用理论计算的方法预测蛋白质的三维 结构和功能，经过多年努力取得了一定的成果。 6.1.1 分析蛋白质的一级结构 蛋白质序列一级结构分析包括了对理化性质和序列模式的分析。蛋白质理化 性质的分析通常包括：蛋白质的分子量、等电点(pI)、氨基酸组成、疏水性和亲 水性分析等。目前已经开发了众多的蛋白质序列理化性质计算工具，且大多提供 网络服务或允许自由下载安装。除了下表中列出的由ExPASy 整理的蛋白质序列 理化性质计算的工具外，ANTHEPROT 、DNAMAN 、BioEdit 等也是较好的理化 性质计算工具。理化性质对于进一步确定蛋白质的亚细胞定位、功能等非常有用， 比如利用疏水残基与跨膜螺旋间的关系可以预测蛋白质序列是否跨膜，利用氨基 酸组成成份可以预测蛋白质序列的亚细胞定位等。 ProtParam ProtParam 是计算输入序列的等电点(pI)、分子量(Mw)、氨基酸组成、消光 系数、半衰期等理化性质的工具。对pI 的确定基于早期研究中将蛋白质从由中 性到酸性变性条件下迁移过程中所获得的 pK 值，对于碱性蛋白质所得到的 pI 值可能不准确。分子量的计算是把序列中每个氨基酸的同位素平均分子量加在一 起，再加上一个水分子的分子量。用户可以把序列整理为FASTA 格式，或提供 SwissProt 标识。若用户提供了序列，该工具会自动计算全序列的pI 和分子量； 若用户提供的是SwissProt 标识，程序会显示该条目的描述和物种记录，此时计 算将在片段上进行，而不是针对整个序列。 ProtScale 可以计算给出蛋白质序列的氨基酸疏水区和亲水区，用户可以把序列整理为 FASTA 格式，或提供SwissProt 标识，需选择合适的amino acid scale 。 REP 可以分析指定蛋白质序列中的重复序列模块，用户可以把序列整理为 FASTA 格式，或提供 SwissProt 标识。已有的可供查询的模块包括：Ankyrin, Armadillo, HAT, HEAT, HEAT_AAA, HEAT_ADB, HEAT_IMB, Kelch, Leucin Rich Repeats, PFTA, PFTB, RCC1, TPR, WD40 等。 6.1.2 分析蛋白质的二级结构 二级结构是指α螺旋和β折叠等规则的蛋白质局部结构元件。不同的氨基酸 残基对于形成不同的二级结构元件具有不同的倾向性。按蛋白质中二级结构的成 分可以把球形蛋白分为全α 蛋白、全β 蛋白、α＋β 蛋白和α/β 蛋白等四个折叠 类型。预测蛋白质二级结构的算法大多以已知三维结构和二级结构的蛋白质为依 据，用过人工神经网络、遗传算法等技术构建预测方法。还有将多种预测方法结 合起来，获得“一致序列”。总的来说，二级结构预测仍是未能完全解决的问题， 一般对于α螺旋预测精度较好，对β折叠差些，而对除α螺旋和β折叠等之外的 无规则二级结构则效果很差。 nnPredict 用神经网络方法预测二级结构，蛋白质结构类型分为全α 蛋白、全β 蛋白和 α/β 蛋白，输出结果包括“H”(螺旋) 、“E”(折叠)和“-”(转角) 。这个方法对全α 蛋白 能达到79%的准确率。 SOPMA 位于法国里昂的CNRS （Centre National de la Recherche Scientifique ）使用独 特的方法进行蛋白质二级结构预测。它不是用一种，而是5 种相互独立的方法进 行预测，并将结果汇集整理成一个“一致预测结果”。这 5 种方法包括： Garnier-Gibrat-Robson （GOR ）方法（Garnier 等，1996）、Levin 同源预测方法（Levin 等，1986）、双重预测方法（Deléage 和 Roux ，1987）、作为前面 PredictProtein 一部分的PHD 方法和CNRS 自己的SOPMA 方法（Geourjon 和Déleage ，1995）。 简单的说，SOPMA 这种自优化的预测方法建立了