6.1 蛋白质性质和结构分析.pdfVIP

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2021-10-22 发布于广东
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生物信息学第六章蛋白质分析 6.1 蛋白质性质和结构分析蛋白质性质和结构分析 ◆ 序列相似的蛋白质具有相似的三维结构 ◆ 不同蛋白质中相同的结构域（domain ）具有相似的功能 ◆ 分析蛋白质的功能 ❖ 一级结构：氨基酸的排列顺序 ❖ 二级结构：主要由氢键维系的结果（α-helix、β-sheet ） ❖ 三级结构：二级结构进一步折叠形成的结构域 ◆ 许多生物信息学网站具有分析蛋白质性质和结构的软件蛋白质性质和结构分析 ExPASy (Expert Protein Analysis System) ◆ Swiss Institute of Bioinformatics (SIB) 的分析工具 ◆ 蛋白质序列分析 ◆ 蛋白质性质分析 ◆ 蛋白质结构分析 ◆ 2 －D PAGE 分析 ◆ Technical University of Denmark (1993) ◆ Protein sorting ◆ Post-translational modifications of proteins ◆ Immunological features ◆ Protein function and structure 蛋白质性质和结构分析其它软件（一）分析蛋白质的一级结构 ◆ 一级结构：蛋白质的氨基酸序列 ◆ 分析内容 ❖ 蛋白质的氨基酸组成 ❖ 等电点（pI ） ❖ 分子量（molecular weight, Mw ） ❖ 疏水性（hydrophobicity ） ❖ 其它 1. 分析蛋白质的pI、Mw、氨基酸组成打开ExPASy 主页,单击 “Resources A..Z” 选择“ProtParam”分析软件（protein physical and chemical parameters ）在ProtParam主页粘贴序列进行分析蛋白质的 pI、Mw、氨基酸组成等其它预测工具： AACompSim ： 2. 分析蛋白质的疏水性打开ExPASy 主页，单击 “Resources A..Z” 选择“ProtScale”分析软件 (protein profile computation and representation) 在ProtScale主页粘贴序列、选择分析方法蛋白质的亲水和疏水性分析结果，有文字和图形两种显示方式 3. 分析蛋白质的模体(MOTIFS) /scanprosite/ STEP 1-提交蛋白质序列（可以同时提交不多于10条） STEP 2-选择motifs （缺省值） STEP 3-选择输出格式分析结果 4. 分析蛋白质的保守结构域在文本框“Scan a sequence against PROSITE patterns and profiles”粘贴序列使用缺省参数（ exclude 去掉选择框“exclude patterns with a high patterns with a high probability of occurrence ） probability of occurrence” 分析结果