4大规模测序及一二三代测序仪介绍详解(20210816170141).pdfVIP

大规模测序 1.RNA测序（ RNA Sequencing）—高速序列比对 2. 转录组测序（ Transcriptome sequencing ） 3. 宏基因组测序 1. 转录组 是指某个物种的特定组织或细胞在某一生理功能状态下 所 有转录的 mRNA产物 的集合，是基因组遗传信息传递和表达的重要步 骤和过程。 高通量转录组测序 可以获得大量 转录本序列信息 ，定量基因转录表达 水平 ，获得基因组转录区域及其位点信息等， 在基因组序列拼接注释、 样 品间基因转录差异表达 （差异表达分析为考点 ）及其功能研究等方 面有重要作用。 1. 有参考基因组的转录组分析技术路线 推荐平台： Illumina HiSeq 2000 、Illumina MiSeq 2. 无参考基因组的转录组分析 推荐平台： Roche 454 FLX+ 二、生物信息学分析 1) 有参考基因组的转录组 1. 原始数据整理、 过滤及质量评估 2. 转录组测序分析 与参考基因组比对 蛋白编码基因的 表达量分析 蛋白编码基因的 表达量差异分析 差异表达的蛋白编码基因的 聚类分析 （热图） 差异表达基因 富集分析 （GO、KEGG） SNPs的分析 （SNPs鉴定、 同义/ 非同义突变、 与已有 SNPs数据库 比对） 可变剪切分析 UTR区域鉴定 新基因 / 新转录本分析 3. 根据客户需求进行个性化分析 2) 无参考基因组的转录组 1. 原始数据整理、过滤及质量评估 2. 转录组测序分析： 序列拼装及拼装统计 Unigene 功能注释 Unigene 的功能 聚类分析 （KOG、GO） Unigene 的代谢途径分析 （KEGG pathway） Unigene 的表达量分析 Unigene 的表达量差异分析 差异表达的 Unigene 的聚类分析 （热图） 差异表达的 Unigene 的富集分析 （KOG、GO、KEGG） SNPs 的鉴定 3. 根据客户需求进行个性化分析 四、经典案例 案例 1：人前列腺癌融合基因鉴定 背景：人前列腺癌发病率位于男性恶性肿瘤的首位， 并且发病率近年 呈上升趋势。 目的：对人前列腺癌及癌旁组织基因转录组进行检测分析。 了解人前 列腺癌的种族特异性及其可能的分子生物学机制。 结果：人前列腺癌的融合基因具有种群特异性， 在欧美人群中普遍高 频表达 （50-80%）的融合基因 TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅 有 20%左右，而在欧美人群中尚未发现的融合基因 CTAGE5-KHDRBS3 和 USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率，分别为 37%和 35.2%。 案例 2：玉米不同发育阶段转录组研究 背景：在单子叶植物中，分生组织分化产生叶片和叶鞘。玉米叶片发 育的整个顺序都是沿着长度分布的， 不同的部位也呈现出不同的发育 阶段。 目的：对玉米叶片转录组进行分析，了解基因结构和表达差异。 结果：定位了超过 120 Mb 条序列，定量叶片各发育阶段中成熟维管 束鞘和叶肉细胞中的转录本丰度， 发现在发育各个阶段的维管束