分子对接与全局最优化方法.pptVIP

第一页，共28页 分子对接 配体－受体的相互作用 结合自由能的理论计算 优化方法 第二页，共28页 配体与受体的相互作用 生理过程与其有关 生物大分子与大分子之间 小分子与生物大分子之间 蛋白质的生理和药物作用体现在蛋白质与小分子之间 第三页，共28页 结合自由能的理论计算 静电相互作用 氢键相互作用 范德华相互作用 疏水作用 第四页，共28页 结合自由能的理论计算 几何形状互补 静电相互作用互补 氢键作用互补 疏水作用互补 第五页，共28页 几种计算方法 分子动力学 自由能微扰方法(FEP) 经验计算方法 第六页，共28页 自由能的经验计算方法(Autodock) 第七页，共28页 自由能的经验计算方法(Autodock) 第八页，共28页 网格能量(Grid Map) 近似计算 利用计算好的参数 三线性插值 第九页，共28页 现在的问题和今后的方向 溶剂化效应、水分子、柔性问题 精确的计算和计算时间的问题 表面计算 数据库 第十页，共28页 Autodock的处理 Pdb文件的准备/pdb/ 小分子的准备 第十一页，共28页 分子处理 文件格式：pdb, mol2, mol, pdbq 优缺点 各种软件的使用babel，chemoffice，weblab viewer，hyperchem等等 第十二页，共28页 babel 转换分子类型，支持几十种分子类型，dos界面。