分子动力学模拟方法.ppt

第四章 分子动力学模拟方法;1957年：基于刚球势的分子動力学法（Alder and Wainwright） 1964年：利用Lennard-Jone势函数法对液态氩性质的模拟（Rahman） 1971年：模拟具有分子团簇行为的水的性质（Rahman and Stillinger） 1977年：约束动力学方法（Rychaert, Ciccotti Berendsen; van Gunsteren） 1980年：恒压条件下的动力学方法（Andersen法、Parrinello-Rahman法） 1983年：非平衡态动力学方法（Gillan and Dixon） 1984年: 恒温条件下的动力学方法(Berendsen et al.) 1984年：恒温条件下的动力学方法（Nosé-Hoover法） 1985年：第一原理分子動力学法（→Car-Parrinello法） 1991年：巨正则系综的分子动力学方法（Cagin and Pettit） ;;分子动力学方法基础：;分子动力学是在原子、分子水平上求解多体问题的重要的计算机模拟方法，可以预测纳米尺度上的材料动力学特性。 通过求解所有粒子的运动方程，分子动力学方法可以用于模拟与原子运动路径相关的基本过程。 在分子动力学中，粒子的运动行为是通过经典的Newton运动方程所描述。 分子动力学方法是确定性方法，一旦初始构型和速度确定了，分子随时间所产生的运动轨迹也就确定了。;分子动力学的算法：有限差分方法;Verlet算法的表述：;Verlet算法程序：;优点： 1、精确，误差O(Δ4) 2、每次积分只计算一次力 3、时间可逆 缺点： 1、速度有较大误差O(Δ2) 2、轨迹与速度无关，无法与热浴耦联;二、蛙跳(Leap-frog)算法：半步算法;Leap-frog算法的表述：;Leap-frog算法的优缺点：;三、Velocity Verlet算法：;Velocity Verlet算法的表述：;Verlet三种形式算法的比较：;四、预测－校正(Predictor-Corrector)格式算法：;;预测阶段运动方程的变换：;校正阶段运动方程的变换：; 一阶运动方程：; 二阶运动方程之一：; 二阶运动方程之二：;五、积分时间步长?t的选择：;微正则系综分子动力学(NVE MD);;微正则系综MD模拟程序F3讲解（LJ, NVE）：;MD模拟中几个热力学量的计算：;对于LJ流体：;内能：;压力：;;练习： 推导LJ流体分子间力的表达式(fx, fy, fz及其对比量)：;;采用对比量的运动方程形式：(以蛙跳(Leap-frog)算法为例);;速度的标度(Velocity Scaling)：;微正则系综MD模拟程序F3讲解（LJ, NVE）：;初??位型：;体心立方 (body-centered cubic, BCC)：;XL;DO 100 I = 1, N RX(I) = RX(I) - 0.5 RY(I) = RY(I) - 0.5 RZ(I) = RZ(I) - 0.5 100 CONTINUE;初始速度：;;标度初始速度：;SUMX = 0.0 SUMY = 0.0 SUMZ = 0.0 DO 200 I = 1, N SUMX = SUMX + VX(I) SUMY = SUMY + VY(I) SUMZ = SUMZ + VZ(I) CONTINUE ;从Maxwell分布中抽样：;麦克斯韦速度分布定律:;从Maxwell分布中抽样：; SUM = 0.0 DO 10 I = 1, 12 SUM = SUM + RANF ( DUMMY ) 10 CONTINUE R = ( SUM - 6.0 ) / 4.0 R2 = R * R GAUSS = (((( A9 * R2 + A7 ) * R2 + A5 ) * R2 + A3 ) * R2 +A1 ) * R ;FACTOR = SQRT ( RTEMP ) DO 100 I = 1, N VX(I) = FACTOR * GAUSS(DUMMY) VY(I) = FACTOR * GAUSS(DUMMY) VZ(I) = FACTOR * GAUSS(DUMMY) CONTINUE 控制总动量为零：同前面一样处理。 ;微正则系综MD模拟程序F3讲解(LJ, NVE) ：;长程校正：;算法：算法启动;算法：差分格式：;DO 1000 I = 1, N RX(I) = RX(I) + VX(I) * DT RY(I)