《Perl语言程序设计》教学大纲（本科）.docxVIP

PAGE PAGE 112 Perl 语言程序设计 一、课程简介 随着精准医疗的开展及生物医学大数据时代的到来，Perl 语言在海量生物数据挖掘、软件开发及平台构建中的优势逐渐显现。Perl 一般被认为是 Practical Extraction and Report Language（实用获取与报表语言）的缩写，是由 C 以及 sed、awk、Unix shell 及其它语言演化而来的一种语言。 Perl 能利用复杂的模式匹配技巧来快速扫描大量数据。不仅善于处理文本数据，Perl 也能处理二进制数据。Perl 还具有模块化处理、面向对象编程、Unicode 支持、多线程支持等功能，使得 Perl成为一种完备强大的语言。随着 Perl 的数据挖掘和分析能力的快速提高，Perl 已成为生物学数据分析中常用的一种语言，Perl 在生物信息学中的使用加速了生物信息学、基因组学以及其他生命科学研究的发展。 通过 Perl 语言程序设计的学习，使学生掌握 Perl 语言的基础操作，掌握 Perl 语言处理生物医学数据的流程、算法，熟悉用于生命科学的基于统计分析模块、脚本和 web 联接，了解生物信息中常见的 Perl 工具与数据库，并利用 Perl 语言解决生物学研究应用中的一些实际问题，如处理生物学数据数据挖掘、算法研发、生物信息学软件及分析平台开发等，培养学生的实际动手能力和科学的学习方法，培养学生独立解决生物学问题的能力，并为科研训练及以后从事生物信息学研发工作打下良好的基础。 二、理论教学内容 Perl语言入门 掌握内容：Perl的安装与调试。 了解内容：Perl的简介，Perl相关的文档资料，Perl的应用领域，Perl的优缺点。 Perl的基本元素 掌握内容：Perl的数字和字符串；Perl的基本运算符、数字运算符和字符串运算符。 了解内容：Perl的单参数运算符、递增和递减、尖括号运算符；Perl的其它赋值运算符。 控制程序流与子程序 掌握内容：Perl的语句块；if语句；逻辑运算符；while循环和for循环。了解内容：其它流控制工具。 列表与数组 掌握内容：数据存入列表和数组；从数组中取出数据；对数组进行操作、遍历数组。了解内容：多个数组的遍历。 文件操作 掌握内容：打开文件；文件的读取和写入。 了解内容：自由文件、测试文件和二进制数据。 哈希结构 掌握内容：将数据填入哈希结构；从哈希结构中取出数据；用哈希结构进行的有用操作：确定频率分布、在数组中寻找惟一的元素、寻找两个数组之间的交汇部分。 了解内容：列表与哈希结构。 Perl的正则表达式匹配 掌握内容：以m//进行匹配；可选修饰符；锚位；绑定操作符=~；捕获变量。了解内容：不同操作符的优先级。 Perl的正则表达式文本处理 掌握内容：用s///替换；可选修饰符；split操作符；join函数；列表上下文中的m//。了解内容：其它常见的正则表达式。 Perl模块和bioperl 掌握内容：读取关于模块的文档；已安装模块简介；标准模块的完整列表；bioperl的使用。了解内容：用于通信的Perl模块。 Perl的数据库操作和网页设计 掌握内容：用Perl连接MySQL数据库；用perl访问MySQL数据库，并用perl程序来插入若干记录并做查询。 了解内容：基于PHP、Perl的动态网页设计。 Perl在生物信息学中的应用 掌握内容：Perl连接常见的生物信息学数据库方法；Perl从生物信息学公共数据库提取数据的方法。 了解内容：Ensembl Perl API的使用；Perl脚本从UCSC数据库下载数据的方法。 12.高级Perl技巧 掌握内容：文件与目录操作。 了解内容：Perl进程管理；其它函数和运算符；系统间的互操作性；引用与结构；了解程序的运行性能。 三、实验教学内容 Perl语言基础 基本内容：本实验目的是学习Perl语言的基础操作，通过对Perl语言变量、表达式、运算符的基本操作，掌握Perl语言的基本操作，为Perl的高级操作和应用提供理论和实践支持。 基本要求：掌握Perl语句、变量和运算符的基础操作；熟悉Perl中的列表与数组；了解Perl中的哈希结构。 Perl程序设计及文件操作 基本内容：建立Perl的简单程序后，进一步深入学习Perl控制流中的语句块、条件语句、循环等内容，控制代码块内的执行流程。学习Perl的文件操作，实现数据的存储和读写。 基本要求：掌握Perl的控制程序流。掌握Perl中文件的打开、读取和写入操作。了解子程序的创建和调用。 Perl中的正则表达式 基本内容：学习正则表达式的三种形式：匹配、替换和转换。通过学习正则表达式，掌握用正则表达式来完成文本处理的任务，实现Perl的高效编程。 基本要求：掌握Perl中用正则表达