《R语言程序设计》教学大纲（本科）.pdfVIP

R 语言程序设计 一、课程简介 生物信息学领域中数据的高通量俨然成为一种趋势，R 语言编程技术可以对高通量的数据进 行处理、统计、绘制图形显示等，是一种非常实用的编程技术。本课程主要是以 R 语言编程技 术为主线来展开，旨在让学生了解生物信息学相关的基本处理命令，包括 R 语言的安装、包的 加载，对数据的处理和转换，概率统计计算以及各种图形的展示，为生物技术专业相关数据的处 理、图形的展示、以及后续的分析提供有效的技术和工具。 《R 语言程序设计》这门课程的开展，从基础的 R 语言软件的安装、包的加载，基本命令， 数据处理和转换，数据的概率统计计算、回归或方差的分析，图形的绘制，编程的技巧等各个方 面入手，由浅入深，能够引导同学在面对生物信息学领域中大量高通量数据时，可以独立运用编 程命令进行数据的处理，也可根据实际问题分析的需要，利用 R 语言技术绘制相关图形，极大 增强了学生在生物信息学领域处理和分析数据的能力，提高科研水平。 二、理论教学内容 1.R语言入门及安装 掌握内容：在计算机上安装R软件，加载所需的数据包，R语言窗口中各菜单的内容。 了解内容：在Linux和OS X平台运行R 。 2. R语言基础知识 掌握内容：掌握R语言变量的生成和删除，熟练掌握数字型、字符型、逻辑型向量的生成和 处理，对R 的几种封装形式熟练掌握，包括向量、数据框、列表、矩阵以及因子，并且能够对其 进行索引。能够独立获取和设定工作目录，保存工作空间，查看历史命令记录，使用R包中的函 数及R 的内置数据集，运行脚本。 了解内容：了解如何获取和设定环境变量。 3.IO操作：输入与输出 掌握内容：根据数据文件的不同类型，选取合适的函数使用键盘输入数据，并导出所需要的 文件格式。当文件为.txt格式、CSV格式等，分别通过table （）、delim （）输入文件，并熟悉输 入、导出文件函数中的各种参数。 了解内容：读取HTML表格的数据以及MYSQL数据库中的相关数据。 4. 数据的转换和处理 掌握内容：对向量添加数据，向量分组，选定矩阵中某一行 （列），基本数据类型之间的转 换，将函数应用于每行 （列），以及基本数据转换和函数的应用。 了解内容：不同结构数据类型间的转换。 5. 编程格式和技巧 掌握内容：根据自己的需要，自行编写R语言程序，封装函数，并利用所学的知识，独立设 计程序进行数据的处理和绘图。 6. 网络数据的自动分析策略 掌握内容：了解生物信息学相关数据的来源平台，不同数据的格式，基于不同格式类型的网 络数据，利用R语言独立编写程序，完成具有一定鲁棒性和实用性的自动分析程序。 了解内容：生物信息学相关网络数据分析的各种软件各种策略各种算法的思想。 7. 基于大数据R语言分析策略 掌握内容：掌握R语言在大数据分析中能够发挥的功能，利用各种已有软件包或套件，增强 编程接口和数据输出/输入功能。 了解内容：基于生物学大数据的海量性、多样性、多维、结构复杂的特点，认识生物大数据 63 的巨大影响力，熟悉生物大数据的各种管理和分析思想和策略。了解如何优化R语言程序数据空 间以及各种数据接口，嵌套多种软件系统。 8.R包开发 掌握内容：R包开发流程，调试程序，单元测试，撰写文档，程序打包，程序发布等一系列 流程。 了解内容：编写功能代码，构建工程骨架，增加函数功能。了解如何增强R包的稳定、稳健 性，方便R包的升级。 三、实验教学内容 1.R语言变量的类型及相关操作 基本内容：R语言变量的生成和处理。 基本要求：熟练掌握数字型、字符型、逻辑型向量的生成和处理，对R 的几种封装形式熟练 掌握，并且能够对其进行索引。 2. IO操作：输入与输出 基本内容：根据数据文件的不同类型，选取合适的函数使用键盘输入数据，并导出所需要的 文件格式。 基本要求：熟练掌握read.table （）、read.csv （）、write.table （）、write.csv （）等输入输 出函数的相关参数及使用。 3. 数据的转换和处理 基本内容：对向量添加数据，向量分组，选定矩阵中某