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FlowJo应用常见问题及其解答 Basic Analysis 1.散点图中怎样调整坐标轴的范围 （备注：只有FCS3.0格式的数据可以在散点图中调整坐标轴的范围。） 点击坐标轴旁边的“T”按钮，选择“Change displayed parameter range”， 在弹出的对话框中输入坐标轴范围的最小值和最大值。 2. 直方图中怎样调整Y轴的范围 在图形窗口中打开“option”选项，在“Y Axis”中选择“Auto”或者“Manual”， Auto：自动，软件能自动调整Y轴的范围，将整个直方图显示出来 Manual：手动，需要在后面的“Max”选项中手动输入Y轴标度的最大值，然后按“回车键”确认。 比如，在此例中需要将“Max”值设为160。 备注：关于FlowJo调整坐标轴的详细内容请参考博文： FlowJo如何调整流式数据参数轴 3. 反向设门：怎样显示子细胞群在其祖先细胞群中的位置 在布局页中右键单击某个细胞群的图，在弹出的下拉菜单中选择“Show Backgating” 4. 输出图形时怎样自动对齐 在布局页中选中需要对齐的多个图形，到布局页的“排齐”菜单中选择对齐的类型，常用的有：顶端对齐(Tops)、底部对齐(Bottoms)、左对齐(Lefts)、右对齐(Rights) 5. 输出图片的格式有哪几种，哪种的分辨率最高 可输出的图形格式有6种：PNG, JPG, GIF, SVG, EMF, PDF。其中，SVG为可缩放矢量图形，EMF格式可以在microsoftoffice里面进行编辑。 在做图形输出的时候，如果是用作PPT的话，建议在FlowJo里面编辑完毕后再直接将完整的report输出到PPT，不建议在PPT里面做图形编辑。如果一定要在PPT做图形编辑的话，需将图片保存为EMF格式，这样可以在PPT2003版本里面做ungroup，进行单个编辑，不过图片插入PPT后，转变为PPT可识别的图，将会降低分辨率。 如果是用作发表文章的话，建议将图片保存为PDF格式，再在专业的图片编辑器如Photoshop或者Illustrator里面进行编辑，再输出为杂志要求的文件格式，一般为JPG,现在也有杂志倾向于接收PDF图片。 FlowJo默认的图形输出格式为PNG格式，如果需要更改，到“编辑”菜单栏里选择“偏好设置文件格式”，在“布局编辑器”的输出格式类型中选择： 6. 是否可以调整伪色图中每个点所表示的细胞个数，即调整点的数目，使其分辨率更高 不可以调整。但是Dot Plot可以调整。(具体内容请参考博文： 如何比较不同细胞数目的流式数据？) 7. 应用模板分析数据时，导入数据之后，布局编辑器里的图形批处理结果显示为“No Population” 在这个例子中，在布局页中选择“Exp1”，然后点击“Batch”按钮，重新批处理一次，便可得到结果。 8. Mean, Median, Mode, Geom.Mean的区别 Mean：平均荧光强度 Median：荧光强度的中位数 Mode：众数，是一组数据中出现次数最多的数值 Geometric mean：几何平均数，是指n个观察值连乘积的n次方根，计算公式为： 在标准的高斯分布情况下，Median=mean=mode. 通常在流式中因为总会有异常值（超高或者超低值）的存在，不是完美的高斯分布，建议使用Median，降低异常值对数据的影响。 9. 对于不同样本，目标细胞群所设的门的范围及位置不相同，是否影响可比性 不影响。同一组实验中的不同样本，目标细胞群的位置和分布范围可能会有变化，在设门的时候，需要将目标细胞群都划在门内；而在分析数据的时候，是以统计学方法分析整个细胞群的分布情况，得到百分比以及平均荧光强度等数据。因此不会影响可比性。 Compensation 1.没有补偿对照单染管（单染样本或者单染Beads）是否可以用FlowJo调补偿 不可以。不论是在仪器上调补偿，还是在软件比如FlowJo上调补偿，都必需在单染对照的基础上进行。 2. 实际实验的时候，单染管没有明显的双峰分布，应该怎么调补偿 如果没有明显的双峰分布，在设门界定阴性群和阳性群的时候：应使用区域门进行设门，阴性群和阳性群之间的距离要尽量远一些，阴性群不要包含极低值区域，阳性群不要包含极高值区域。如下图所示： 关于用FlowJo做软件补偿请参考博文： FlowJo软件荧光补偿 3. 怎样才能确定FlowJo的补偿矩阵的准确度？依据单染对照的散点图还是实验样本的？ 依据单染对照进行判定。以一个两色实验为例（FL1::CD3-FITC 和 FL2::CD4-PE），在补偿之后，如果单染对照（比如FITC单染）中FITC阳性群和FITC阴性群的中位数（Median of FL2::C