比较基因组学原理及应用（课堂PPT）.pptVIP

Z曲线的GC轮廓图方法 基因组序列变换为等价的三维空间曲线——Z 曲线，经过适当的投影和座标旋转后得到Z’曲线，后者又称为累积GC 轮廓图（Cumulative GC profile）。定义：在基因组某一碱基处的G+C 含量正比于Z’曲线在该点切线的斜率。而在某一窗口中的平均G+C 含量则正比于此量在该窗口内的定积分。 对于任一给定的DNA 序列，有唯一的一条Z 曲线与之对应；反之，给定一条Z 曲线，它所代表的DNA 序列可以唯一地导出。因此，Z 曲线携带了DNA 序列的全部息。对两个基因组或染色体序列的比较，可以通过对它们所对应的Z 曲线的比较来进行。 在研究物种间的进化关系时, 传统的分子进化研究方法一般选取一个大分子 ( 如16SRNA) 的序列为标准,研究其在各个物种同源序列之间的差异, 并以此构建进化树。但是一个物种的基因组编码了成千上万个序列, 以其中一个序列的差异来代表整个生物体的差异是不全面的。因此, 从全基因组的水平来研究生物的进化应该更为合理。利用比较基因组学的方法在基因组水平上构建的进化树将会更加合理的阐述物种之间的进化关系。 物种序列的优化选择：当在比较 40～80 My进化距离的 DNA序列时,其编码序列与一些重要的非编码序列将是保守的,如人与鼠。然而至今在这一进化距离内保守的非编码序列中只有少数被鉴定为有特征性的功能元件,其它的仅被认为是临近或 20