分子力学虚拟筛选课件.pptxVIP

课程1 使用Vina进行分子对接;AutoDock版本其实存在两个版本： ①AutoDock 4.2: AutoGrid4负责格点能量的计算； AutoDock4负责构象搜索及评价； ② Vina :分子对接性能高、准确率高、易应用，最关键的是可以多核并行，可以做“虚拟筛选”。;第一步：受体配体文件准备基于AutodockTools AutodockTools配体文件准备： 加H原子、加经验电荷、合并非极性氢； 设置可旋转键； 保存lig.pdbqt； AutodockTools受体文件准备： 删水、加H原子、加经验电荷、合并非极性氢； 保存rec.pdbqt；;第二步：编写控制文件conf.txt receptor = rec.pdbqt ligand = lig.pdbqt center_x = 11 #可以根据Grid-Box来写 center_y = 90.5 center_z = 57.5 指定盒子中心 size_x = 22 size_y = 24 size_z = 28 指定盒子大小 num_modes=20;第三步：运行Vina ① 受体配体pdbqt文件以及conf.txt放入同一个工作目录下，CMD命令行下输入：cd 工作目录路径 ② CMD命令行下输入：vina --conf