分子标记特点和应用.docxVIP

分子标记技术方法和他们特点\限制性片段长度多态性标记分析(Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP)—RFLP RFLP技术的是检测DNA在限制性内切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。因此但凡 可以引起酶切位点变异的突变如点突变(新产生和去除酶切位点)和一段DNA的重新组织 (如插入和缺失造成酶切位点间的长度发生变化)等均可的产生 RFLP技术特点： RFLP技术优点： ①结果稳定，重复性好，特殊是PCR-RFLP (CAPS)由于是特定引物扩增，退火温度高，因 而假阳性低，牢靠性更高。 ②是一种共显性标记，可区分纯合体与杂合体，数据多态信息量大，不受显隐性关系、环境 条件、进展阶段及组织部位影响。 ③RFLP标记广泛存在于生物体内，不受组织、环境和发育阶段的影响，具有个体、种、属 及各种各层次水平的特异性。 ④核基因组的RFLP标记表现为孟德尔的共显性遗传，而细胞质基因组的RFLP 一般表现为母 性遗传。 RFLP技术缺点： ①分析所需DNA量较大，分析速度慢。 ②步骤较多，周期长，技术简单，费用高。 ③检测多态性水平过分依靠限制性内切酶，使多态性降低，对DNA质量要求高。 ④检测中需放射性物质，限制了广泛应用。 ⑤对于线粒体DNA而言，由于其进化速度快，影响种以上水平的RFLP分析的精确 性。但是种以上水平影响很小。 .随机扩增多态性 DNA 技术(Random Amplified Polymorphism DNA) — RAPD 以单一的随机引物(一般为10个碱基)采用PCR技术随机扩增未知序列的基因组DNA获得 的DNA片段长度变异。它是采用随机引物通过PCR反响非定点扩增DNA片段，然后用凝胶电 泳分析扩增产物DNA片段的多态性。 RAPD技术特点： RAPD优点: ①无种属特异性,一套RAPD引物可以应用于任意一种生物的讨论，具有广泛和通用的特点。 ②适合于自动化分析。操作技术简洁，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术，省工省力和 工作进度快。 ③不需制备探针、杂交等程序，引物价格低，本钱较低。 ④,DNA用量少，允许快速、简洁地分别基因组DNA。 ⑤不受环境、发育、数量性状遗传等影响，能够客观地提示供应材料之间DNA的差异。 RAPD缺点： ①是一种显性标记，用于二倍体生物时，区分纯合子和杂合子的困难性会引入统计分析。 ②,稳定性较差，在某些状况下，试验结果不能重复，结果牢靠性低。 ③该技术的使用因生物种类而定。在细菌中，其因是单倍体，又是无性繁殖，所以RAPD标 记技术很有用。 任意引物.PCR 标记技术(Arb i trar i I y Pr i med Po I ymerase Cha i n React i on ) -AP—PCR AP—PCR分析中，所使用的引物较长(10 —50 bp) , PCR反响分为两个阶段，首先寡核 昔酸引物在低严谨条件下与模板DNA退火，此时发生了一些合成，以便稳定模板与引物之间 相互作用。然后进行高严谨退火条件的循环，两个位点间那些序列在低严谨度退火条件下发 生的引物延长可连续在高严谨条件下扩增。采纳变性聚丙烯献胺凝胶电泳分析PCR产物，最 终反响结果与RAPD类似。只要设计的引物在低严谨退火条件下能削减引物产生人为产物， 应用成对组合的引物可以产生新的AP—PC R谱带，但引物配对组合使用时，得到的图谱与 单弓I物单独使用时产生的图谱之和很不相同，这样，50个引物能产生1250种不同指纹图谱。 AP—PCR 特点： AP—PCR优点：AP—PCR方法不需预知序列资料，而且检测的基因组样本是任意的，还能够 用于检测近等基因系(或同类系)中的多态性。它产物的多态性遵循孟德尔定律，其方法快速、 经济、简便。 AP—PCR 缺点： 是每个新的多态性都必需经纯化才能进一步使用。此外，此方法在杂合体中仅可区分长度多 态性。 .短串联重复序列(simple tandem repeats) — STR 又称为简洁重复序列(simple sequence repeats, SSR ),也称微卫星标记 (microsatellite),是匀称分布于真核生物基因组中的简洁重复序列。其串联重复的核心 序列为l-6bp,最常见是双核甘酸重复，即(CA)n和(TG)n。微卫星DNA的高度多态性主要来 源于串联数目的不同。由于重复单位的重复次数在个体间，呈高度变异性并且数量丰富，因 此微卫星标记的应用特别广泛。 STR特点： ① 序列简洁，重复基元为-5bp,但是具有很多不同组合方式。标记为点专化性，一般检 测到的是一个单一的多等位基因位点。 ②高度重复多拷贝，从几十到几百乃至千万拷贝数。 ③重复片段长度具有多态性，在染色体重复区域的位置不同其重复