siesta安装运行测试.pdfVIP

siesta 的安装与编译 ： 当前版本： V1.0 编写人： 编写日期 2013.11.1 审批人： 审批日期 级别： 浪潮方案与实施部编制 目录 SIESTA 简介2 所需软件列表2 软件安装步骤2 编译SIESTA 3 SIESTA 作业 4 siesta 简介 SIESTA (Spanish Initiative for Electronic Simulations with Thousands of Atoms)是一个可以 索取 的学术 计算软件，用于分子和固体的电子结构计算和分子动力学模拟。SIESTA 使用标准的Kohn-Sham 自恰密度泛函方法， 计算使用完全非局域形式(Kle an-Bylander) 的标准守恒赝势。基组是数值原子轨道的线性组合(LCAO)。它允许任意 个角动量，多个zeta ，极化和截断轨道。计算中把电子波函和密度投影到实空间网格中，以计算Hartree 和XC 势，及 其矩阵元素。除了标准的Rayleigh-Ritz 本征态方法以外，程序还允许使用占据轨道的局域化线性组合。使得计算时间 和内存随原子数线性标度，因而可以在一般的工作站上模拟几百个原子的体系 软件安装环境 硬件环境 CPU： el Xeon CPU E5-2670 @ 2.60GHz NETWORK：56Gbps Infiniband 软件环境 操作系统版本：Redhat6.3_x86_64 编译器： el com erxe- 2013.1.117 所需软件列表 siesta-3.2.tgz 地址 软件安装步骤 编译siesta 之前先设置好root 用户的 el 编译器环境变量 source pilervars.sh el64 source /opt/ el/mkl/bin/ el64/mklvars_ el64.sh source /opt/ el/impi/4.1.0/bin64/mpivars.sh 编译siesta 解压siesta 到/opt/soft 目录 [root@mu01 siesta-3.2]# pwd /opt/soft/siesta-3.2 cd Obj/ sh ../Src/obj_setup.sh cp ../Src/Sys/ el9-cmkl8-mpi.make ar ake 编辑ar ake,按以下内容修改 [root@mu01 ~]# cat ar ake SIESTA_ARCH= el9-cmkl8-mpi # # ar ake created by Lucas Fernandez Seivane, # You may need to change the name of the compiler, location of libraries... # Modified by Alberto Gar to suit crys the UPV. # LANG= FC=mpiifort FC_ASIS=$(FC) # FFLAGS=-O3 -xP -mp FFLAGS_DEBUG= -g -O3 DUMMY_FOX=--enable-dummy RANLIB=echo MPI_INCLUDE=/opt/ el/impi/4.1.0/ el64/include/ MPI_ ERFACE=/opt/soft/siesta-3.2/Src/libmpi_f90.a FPPFLAGS_MPI=-DMPI # BLAS_LIBS=-L/opt/ el/mkl/lib/ el64/ -lmkl_ el_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core LAPACK_LIBS=-L/opt/ el/mkl/lib/ el64/ -lmkl_sequential -l