系统生物学课件Netbuilder.docx

Netbuilder PAGE 1 Netbuilder scalars:放大一个因子作用于另一个因子的影响，可设定放大率（线性或非线性）。 genes:弯曲箭头的后面表示调控区域，前面的表示编码区域。描述细胞核外部的相互作用，箭头指向的DNA表示顺式调控的DNA。将基因放在水平线上，这根线上方的区域表示基因和产物的互相作用，每个基因下方的区域表示本基因受顺式调控后的结果。 interaction symbols:相互作用能够被模拟为AND, OR 和袋鼠的加法及乘法。逻辑运算符可以是布尔型也可以是连续值。OR表示input中的一个为active，则output也为active；AND表示只有所有的input为active，output才为active。 switch elements:可在interaction elements的基础上建立。加快网络捕获。 1.双稳态开关：表示该生物过程一旦被激活，那么它在被破坏（如被蛋白质改变构象）之前将一直保持激活状态。 2.临界和对照标志：用来描述一个相互作用的效果或基因产物的相对特征。包括比较两个相互作用的效果或浓度，以及判断效果或浓度是否达到临界值。 the second group of symbols选择部件的连接方式。（connector） 简单传递基因相互作用或状态从一点到另外一点。 最后一个表示否定，根据接受元件的不同，可以表示为逻辑的“NOT“，input sign的改变，以及input的颠倒。 第三个区域中有两个按钮： 第一个按钮：对水平和垂直的片段自动画线。 第二个按钮：自动更新connector的颜色。（当按下时，颜色自动变为与之项链的输出部件的颜色） 第四个区域： NETBUILDER中最独特的功能，被用于多细胞的胚胎的GRNs中。 细胞：用户自己将多个细胞画上去，不同组的细胞（时间或空间划分的）会被分到一组，具有不同的初始条件或遗传特性。 接收者： 自定义：（page16） As with the network editor, the simulation facilities provided by NetBuilder use graphical icons to provide the user with a simple, intuitive means of controlling the simulation. The simulation icons are listed in a column to the right of the editor canvas. The simulation icons allow the user to set the start and end time of simulations, set or reset the state of any gene or switch in the network, plot the time course activity of any gene, and save the simulation result. 1.建立调控网络的逻辑模型 2.对GRN进行定性和定量的描述 3.依据电子工程的原理设计 4.建立图形化的展示界面 5.主要用于复杂的基因调控系统的分析 6.但目前只运用与DNA基础上的GRNs调控 Usually, however, few, if any, of these values are known. Although it is possible, at least in theory, to find the ‘best’ set of parameter values by sampling the whole of parameter space, many degenerate solutions may be expected. This is partly due to correlation between parameters, but it also occurs because biological systems have built inregulation mechanisms that make them robust to changes in many of their parameter values. 但是这些参数中，很少的能够找到一个最适合的设定，即便能够被量化，也可能得出的一个偏差较大的结论，因为这些参数往往多变，并且相互影响，从而使调控结果变得难以预测。因此，以往的软件都在简化整个模型，同时保持最基本的控制元件之间寻求平衡点。 和普通的Microsoft Windows外观相似。 中间是用户工作