后基因组时代的生物信息PPT课件.pptx

后基因组时代的生物信息;HGP——人类基因组计划 ;后基因组时代的生物信息学;2022/3/19;第一节 基因组表达及调控的研究;基因组表达及调控;基因组学、生物信息学与新药研制;CDNA 微阵列 ;差异表达基因的选择;基因表达数据的聚类分析;几种常用的聚类方法 ;分层聚类;层次聚类优缺点;K-均值聚类; 优点：思想简单易行,时间复杂性接近线性,对大规模数据的挖掘具有高效性和可伸缩性。 缺点：该算法要求预指定类数，而实际应用中很难预测类数，因此需要通过试误，即使用多套不同的参数设定，比较其??果，并且从生物学角度对结果进行验证。;SOM聚类; SOM聚类（一）; SOM聚类（二）; SOM聚类的优缺点;基因网络研究的前提假定和基本原理;基因和蛋白质;基因表达的调控：〔不同层次〕 ; 基因调控网络是指一组调控因子如何调控一套基因表达的过程. 机体的功能发展来缘于遗传网络间的互作。;基因调控网络研究的目的;基因调控网络构建的方法;近年来发表的基于微阵列数据进行基因调控网络构建和分析的软件包;第27页，共62页。;基因调控网络整合分析;第二节;文本挖掘的提出;文本挖掘的方法;基于统计方法的文本挖掘;CHAUSSABEL等提出了一种用文献轮廓挖掘微阵列表达数据技术;PUBGENE(HTTP://WWW.PUBGENE.ORG/）;基于自然语言处理的方法;基于关联规则挖掘的方法;基于模式识别的方法;第三节;分子进化和系统发育分析;过度繁殖;基因突变;a;构建系统发育树的数据 1、特征数据(character data)： 提供了基因、个体、群体或物种的信息 2、距离数据(distance data)或相似性数据(similarity data)： 涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。 ? 距离矩阵 ;构建系统发育树的数据 1、特征数据(character data)： 提供了基因、个体、群体或物种的信息 2、距离数据(distance data)或相似性数据(similarity data)： 涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。 ? 距离矩阵 ;;分子进化与系统发育分析软件;第四节;;遗传信息检验 – 风险估计;研究 – 临床医学转换;分子遗传流行病学;基因分型;一般术语;连锁不平衡（ LD）;微卫星标记;;单体型;单体型构建;单体型构建;单体域;标签SNPS;连锁关联分析主要软件