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群体遗传学和分子生态学软件介绍 附录3分子生态学统计软件介绍 分子生态学是研究生命系统与环境系统相互作用的分子基础与分子机理的崭新的分子生物学与生态学的交叉学科，是从基因、蛋白质、酶等生物分子活动规律来阐释生态规律进化、生态过程、适应和演变历程(burkeetal，1992;bachmannetal，1994)。这些研究通常会产生大量而复杂的分子数据，选择合适的统计方法对正确的解释科学现象是非常重要的。以下就介绍几类常用的分子生态学软件。 3.1遗传多样性与遗传结构分析软件 遗传多样性是生物多样性的基础，丰富的遗传多样性可以提供很多宝贵的遗传资源。因此为了对天然群体的遗传多样性研究，分子生态学专家开发出了一系列的评估软件，用于计算和检测生物群体基因变异的度量和遗传指标，其中用得比较广泛的有popgene、structures、genepop、genalex6、ntsyspc、fstat等。 popgene就是由francisyeh等人研发的用共显性和显性标记去研究群体内和群体间的遗传多样性。这个软件操作方式较直观，功能也比较全系列，主要包含排序广为的遗传学数据例如等位基因频率、遗传多样性、遗传距离、g-statistics、f-statistics等以及繁杂的遗传学数据基因流、中性检测、连锁不均衡、多位点结构等。新版本的popgene还需用去分析数量遗传变异以及提供更多更高质量的系统聚类图。popgene浏览地址： fstat软件包是jér?megoudet开发的用于计算共显性标记的遗传多样性和遗传分化参数。主要功能如下：检测样本和总体水平上的基因频率，观察和期望基因型，等位基因数，基因丰富度；检测整体水平上以及每个样本或位点是否处于哈温平衡；neis(1987)的遗传多样性和遗传分化的估计值和weircockerham(1984)每个等位基因，每个位点以及总体上的capf(fit)，theta(f)和smallf(f)的估计值；检测r-statistics(slatkin，1995)，5将原始数 st is 据转化成genepop的格式等。fstat浏览地址： arlequin软件是由excoffier等开发出来的群体遗传学软件，能提供大量的基础方法和统计学检测。由于arlequin有大量的选项，所以认真阅读说明来使用。arlequin的主要功能有以下几个方面。在群体内，包括计算多态位点、群体内遗传多样性、单倍体频率、连锁不平衡、哈温平衡、tajima’s中性检测、fusf中性检测、ewens-watterson中性检测等。在群体 s 间，包括寻找共显的单倍型、分子方差分析、成对的群体间遗传距离、基因型的指派分析等。arlequin下载地址： genepop软件包就是由michelraymond和francoisrousset研发出的，主要功能与fstat相似。在数据处理上，可以将数据轻易递交网上排序，也可以浏览软件排序。主要也存有7个功能：1检测于哈温均衡，提供更多种群内各位点的平衡状态及种群整体的平衡状态的检验；2连锁不均衡的分析；3遗传分化和基因流的排序；4基因型矩阵，基因频率，观测和希望基因型；5排序f-statistics和rho-statistics，以及根据地理距离展开mantel检测；6转化成fstat，biosys，linkdos，arlequin的格式；7用很大似然估算检测基因频率，将单倍体的信息二倍体化；轻易在线排序地址： genalex软件是peakall和smouse研究出的一种在microsoftexcel程序中运行的跨操作系统平台的居群遗传分析软件包，它可以对共显性数据、单倍体数据和二元数据进行分析。genalex还提供了一系列基于频率的分析。例如genalex可进行f统计检验、nei’s遗传距离和地理距离的同一性检验以及偏性分布的检验。基于距离的计算如amova分析、相关性pca分析、mantel检验等。该软件包还提供了20多种不同的图表总结数据已经辅助检测。除此之外，序列信息和基因型数据可以方便地在相关软件中转化格式(李欣，2021)。genalex6.2下载地址： structures软件包同时实现了通过基因型信息去推测群体遗传结构。这种方法就是由pritchard，stephens和donnelly(2000)以falush，stephens和pritchard(2021，2021)研发和修改的。他们利用一个假想的模型：存有k个群体(k不一定晓得)，个体被随机的指派至群体中，如果某些个体的基因型表明出来他们就是混合的情况下，它们甚至重新加入了两个或两个的群体中。这种方法