gwas与qtl的分析内容与原理的比较.docxVIP

复杂性状(Complex traits)通常是指由多个基因和环境共同作用的性状，包 括了数量性状和常见的疾病等。因此研究复杂性状的遗传基础就不能使用经典的 遗传学实验手段了(例如“孟德尔的豌豆”)，而要另辟蹊径。 全基因组关联研究(Genome-Wide Association Study,简称 GWAS )与 ■性状KSS定位 (Quantitative Trait Locus mapping，简称 QTL 定位) 已经成为研究复杂性状遗传结构的重要手段。 /^ETVWRE Linkage Disequilibrium Within A PapulaticNnLinlcage W社hin A FamilyiiAntiiHA(rLGefwf-silin LIntnlGerw-ailpr-SLKlzira」BiEKiLIEHU昌 M」UM J2E__IpS Linkage Disequilibrium Within A PapulaticNn Linlcage W社hin A Family iiAntiiHA(rL Gefwf-silin L Intnl Gerw-ailpr- SLKlzira」BiEKiLIEHU昌 M」UM J2E__IpS .ffsa Geiwrailin 3 ■■IlirT TBnrrrini mi it mint m mi tf I iii? m i.n ,i. in Lniiflgc hrtWE hw- marluewOQE* 5PP0)曾一 stjmtLU Lniiflgc hrtWE hw- marluew OQE* 5PP0)曾一 stjmtLU co Large 5.0 Moderate 1.5 Small 1.2 1.0 1 一 - — ------ 1 Q EH 站血[Cvrllc Hbra^sl Highly Penetrant 、 M 加 ndwli 、、、 Common Variants Mutations with Large Effects .|Mzhe?nw3| CFH(AWCiTQ s. Less Common \ Variants with Made rate Effects QftOOl ICrciir/i DEiAa^il %、 4jTNnUFiA{Mdii^A OTCF7Li 网K 3 Oiatewsl . Com mon Vanants Rare Variants with with Small Effects Small Effects k、 Identified by \ GWAS UMZ IPran?e Qin?r] Q FnpuhlHn mown fmni Lrli^n □nHiiitliiiun baLiricigji GWAS 首先来聊聊GWAS，虽然才发展了十几年，已经在疾病研究和植物农艺性状遗 传研究当中获得了广泛的应用，算是一个大热点领域。 此处必须祭出这张图： 0.001 0.005 0.05 0,5 ^Mutations Rare Low Frequency Common Allele Frequency “Common Variants , common diseases”，这个假设就是 GWAS 研究的 前提。 是的，没看错，人类对自身的探索了解和掌握永远是技术进步的一大动力,GWAS 研究最开始也是为了研究人类疾病以及其他特征的。 GWAS的核心是基于分子标记的 GWAS的核心是基于分子标记的逢 不平衡（LD，利用LD来研究标记与性 状之间关系。 名词解释：连锁不平衡 连锁不平衡（linkage disequilibrium，简称LD），是指在指定群体内，不同位 点等位基因间的非随机性关联，包括两个标记间/两个基因间/一个基因与一个标 记间的非随机关联。 简单的说就是：两个不同位置的等位基因同时出］ 简单的说就是：两个不同位置的等位基因同时出］ （连锁）的概率，高于随机出 现的概率（不平衡） GWAS -全基因组关联分析，顾名思义，是在全基因组范围内，检测多个个体的 遗传变异多样性，获得群体中每个个体的基因型；然后与性状（即我们常说的表型）进行统计学关联分析，根据统计量（主要指P值）筛选出候选变异位点和 /^ETVWRE 匝维代谢 基因。 QTL 定位 接下来，我们说说QTL定位，与GWAS相比，QTL定位可算历史悠久，已经 发展了近一个世纪，是研究数量性状遗传基础的主要手段。 有趣的是，GWAS实质是利用连锁不平衡定位，而QTL的实质，是确定分子标 记与QTL之间的连锁关系，基本原理是QTL与连锁标记的共分离。 当分子标记与某一个性状的QTL连锁时，不同标记基因型个体的表型值将存在 显著差异。通过分析表型间差异，就可以