囚禁弱相互作用玻色气体的势场优化准则.docxVIP

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囚禁弱相互作用玻色气体的势场优化准则 牢笼原子弱相互作用(van der Waals)是一种原子间的非电子性相互作用,它在自由度很低的情况下常被忽略。它因其有利于稳定性而受到许多分子动力学仿真软件的重视,如Tinker、AMBER、GROMACS等,这些软件在计算分子能量和势能及作出关节的位置预测时都可以非常精确地计算出牢笼原子的行为。 牢笼原子之间的弱相互作用在受到它们自身和环境中的物质的影响时,往往会表现出两种不同的类型的势场,即软件硬件势场和软件软势场,常常被用在计算构型最小化和能量最优化中。 首先,软件硬件势场是一种推导所需交互势场能量及其强度的方法,它通常用于计算大范围系统中牢笼原子之间的弱相互作用。软件硬件势场的特点是能够计算出原子的相互作用,而且其参数可以从实验值中进行获得。然而,这种方法缺乏传输性质,需要大量计算时间以及计算能量,使得它比其他势能优化方法仍然受到限制。 其次,软件软势场涉及到原子之间的弱相互作用,它采用软件势场函数为系统定义出势场,并将原子分子描述为差分式,结果表明,软件软势场能够指出原子之间的优化位置,使得可以获得更为精确的最小化能量。通过软件软势场计算出的能量更加准确,可以提供牢笼原子系统的最小化能量和最优化的构型,从而使得牢笼原子系统更加稳定。 此外,为了能够精确计算牢笼原子系统的势能最小化,有必要将它们的势场优化准则包括进去。这里主要以它们的自然谱准则作为优化准则(Natural Spectral),计算牢笼原子系统的弱相互作用,如病毒和抗原之间可能存在的蛋白质间相互作用等。这种准则通过计算在极量(即最大位移)上的原子之间弱相互作用得到更准确的势能优化结果,它可以有效地描述系统中空腔原子之间的中等等相互作用,也就是说,它能够有效地获得牢笼原子系统更优的势能最小化。 总之,牢笼原子弱相互作用的势能优化准则是一个复杂的问题,它包括软件硬件势场、软件软势场以及自然谱准则。尽管软件硬件势场和软件软势场都具有计算出牢笼原子之间弱相互作用的优势,但是它们都只是表面粗浅,还不能得到精确的势能最小化结果,而自然谱准则则具有计算出牢笼原子系统的精确势能最小化的能力。因此,牢笼原子弱相互作用的势场优化准则也必须结合硬件势场、软件软势场和自然谱准则来完成,以提供更为精确的势能最小化能量及构型优化结果。

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