SNP与人类疾病的学习材料.pptxVIP

SNP与人类疾病的学习材料第1页/共41页 2实习课内容1. 利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL8上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域2. 试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶第2页/共40页第2页/共41页 3实习课内容3. 从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式4. 在Haploview中导入Hapmap格式IL8基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP第3页/共40页第3页/共41页 4 为了培养大家独立操作的能力，老师给大家演示例子时用IL10基因，大家做习题的时候用IL8基因！第4页/共40页第4页/共41页 51. 利用HapMart网络平台提取中国汉族人群基因IL10上的SNP，并列出这些SNP各自所处的功能区域实习题1/（1）开打网页第5页/共40页第5页/共41页 （2）输入设置：选择CHB、 在GENE FILTERS框中输入IL106第6页/共40页第6页/共41页 （3）输出设置：选择感兴趣的输出信息7第7页/共40页第7页/共41页 3. 结果导出：以界面和文件形式输出限定条件下IL10上的SNP位置、基因型、群体频率等信息8第8页/共40页第8页/共41页 9实习题22. 试结合第一章中对NCBI等重要的序列数据资源知识介绍，选取适当的限制性片段长度多态性方法用于IL8基因上SNP分型的内切酶第9页/共40页第9页/共41页 限制性内切酶（restriction enzyme），能识别双链DNA中的特定碱基序列，并切割双链DNA的核酸酶。常用于重组DNA技术的一类限制酶的识别位点为回文对称结构，它们的结合和切割都在这一特定的对称结构内10同一物种不同个体的DNA分子，用同一种限制性内切酶完全酶切后，出现分子量不同的同源等位基因片段，称为限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism，RFLP） 第10页/共40页第10页/共41页 内切酶酶切示例BbuI GCATGCCGTACGGCATGC3’端突出NotIGCGGCCGCCGCCGGCGGCCGCCGG5’端突出HpaIGTTAACCAATTGGTT AACCAA TTG平末端名称识别位点切割后分子末端类型5’5’5’5’5’5’3’3’3’3’3’3’粘性末端11第11页/共40页第11页/共41页 12TTTCCC249 bp254 bp503 bp电泳图模拟第12页/共40页第12页/共41页 13第13页/共40页第13页/共41页 优点：1.方法简单；2.容易操作；3.经费要求不高缺点：1.样品纯度要求较高和用量大；2.过分依赖于限制性内切酶的种类和数量；3.分析步骤繁琐、工作量大；4.分型容易出错、通量较小RFLP方法优缺点14第14页/共40页第14页/共41页 15/index.html直接以IL8为例演示第15页/共40页第15页/共41页 16第16页/共40页第16页/共41页 17第17页/共40页第17页/共41页 18第18页/共40页第18页/共41页 19第19页/共40页第19页/共41页 20选取一个要研究的区域第20页/共40页第20页/共41页 21利用软件分析该区域的限制性内切酶位点第21页/共40页第21页/共41页 22设计引物PCR扩增目的片段EcoRI酶切聚丙烯酰胺凝胶检测第22页/共40页第22页/共41页 23C 等位EcoRI不能识别第23页/共40页第23页/共41页 24T 等位EcoRI切割第24页/共40页第24页/共41页 25实习题33. 从本章给出的Haploview网络地址下载并安装最新的Haploview软件版本，研究一下可以输入的数据格式/mpg/Haploview/index.php第25页/共40页第25页/共41页 26实习题44. 在Haploview中导入Hapmap格式IL10基因上的SNP基因型，从中提取能覆盖整个基因的最少量的TagSNP第26页/共40页第26页/共41页 27/第27页/共40页第27页/共41页 Haploview软件直接分析基因的tagSNPIL10: Chr1,205,007,571-205,012,462 Chr1,205007 kb-205,012 kb28第28页/共40页第28页/共41页 在Haploview软件界面输入相应信息29第29页/共40页第29页/共41页 30第30页/共40页第30页/共41页 依据连锁不平衡（LD），基因