常用分子生物学软件简介.docVIP

- . z. 常用分子生物学软件 一、基因芯片： 1、基因芯片综合分析软件。 ArrayVision 7.0 一种功能强大的商业版基因芯片分析软件，不仅可以进展图像分析，还可以进展数据处理，方便protocol的管理功能强大，商业版正式版：6900美元。 Arraypro 4.0 Media Cybernetics公司的产品，该公司的gelpro, imagepro一直以准确成为同类产品中的佼佼者，相信arraypro也不会差。 phoreti*? Array Nonlinear Dynamics公司的基因片综合分析软件。 J-e*press 挪威Bergen大学编写，是一个用JAVA语言写的应用程序，界面清晰漂亮，用来分析微矩阵〔microarray〕实验获得的基因表达数据，需要下载安装JAVA运行环境JRE1.2后(5.1M)后，才能运行。 2、 基因芯片阅读图像分析软件 ScanAlyze 2.44 ，斯坦福的基因芯片基因芯片阅读软件，进展微矩阵荧光图像分析，包括半自动定义格栅与像素点分析。输出为分隔的文本格式，可很容易地转化为任何数据库。 3、 基因芯片数据分析软件 Cluster 斯坦福的对大量微矩阵数据组进展各种簇〔Cluster)分析与其它各种处理的软件。 SAM Significance Analysis of Microarrays 的缩写，微矩阵显著性分析软件，E*CEL软件的插件，由Stanford大学编制。 4．基因芯片聚类图形显示 TreeView 1.5 斯坦福开发的用来显示Cluster软件分析的图形化结果。现已和Cluster成为了基因芯片处理的标准软件。 FreeView 是基于JAVA语言的系统树生成软件，接收Cluster生成的数据，比Treeview增强了*些功能。 5．基因芯片引物设计 Array Designer 2.00 DNA微矩阵〔microarray〕软件，批量设计DNA和寡核苷酸引物工具 二、RNA二级构造。 RNA Structure 3.5 RNA Sturcture 根据最小自由能原理，将Zuker的根据RNA一级序列预测RNA二级构造的算法在软件上实现。预测所用的热力学数据是最近由Turner实验室获得。提供了一些模块以扩展Zuker算法的能力，使之为一个界面友好的RNA折叠程序。允许你同时翻开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些根本功能：翻开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单翻开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。RNA文库〔RNA Library〕用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。 根本配置：Windows95,Windows98或WindowsNT。Pentium以上芯片，32兆内存。 RNAdraw 是一个进展RNA二级构造计算的软件。 1. 它 是Windows下的多文档窗口 (multipledocument interface) 软件，允许你同时翻开多个数据处理窗口。主窗口的工具条提供一些根本功能：翻开文件、导入文件、关闭文件、设置程序参数、重排窗口、以及即时帮助和退出程序。2. RNAdraw中一个非常非常重要的特征是鼠标右键菜单翻开的菜单显示对鼠标当前所指向的对象/窗口可以使用的功能列表。3. RNA文库〔RNA Library〕用一种容易操作的方式来组织你所有的RNA数据文件。 loopDloop 2.07b Java语言写成的绘制RNA二级构造的软件，需要安装JAVA虚拟机。 Circles 0.1.0 Java语言写成的绘制RNA二级构造的软件，需要安装JAVA虚拟机。 三、序列综合分析 Vector NTI Suite 8.0 不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大局部功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理〔增加、修改、查找〕，对要操作的数据放在一个界面一样的数据库中统一管理。软件中的大局部分析可以通过在数据库中进展选定〔数据〕-分析-结果〔显示、保存和入库〕三步完成。在分析主界面，软件可以对核酸蛋白分子进展限制酶分析、构造域查找等多种分析和操作，生成重组分子策略和实验方法，进展限制酶片段的虚拟电泳，新建输入各种格式的分子数据、加以注释，输出高质量