基因组序列注释.pptVIP

现在是62页\一共有93页\编辑于星期五 美英三科学家因干细胞研究的贡献 获诺贝尔医学奖 马利欧·卡佩奇 埃文斯 奥利弗·史密斯 现在是63页\一共有93页\编辑于星期五 3.2.3基因过表达用于功能检测 现在是64页\一共有93页\编辑于星期五 划时代的基因靶向操作技术： CRISPR/Cas9 经典基因操作： Gene trap: 化学诱变； 同源重组：一般物种几率低, 10-6 ； ES cell 10-2 突破性的发现： RNAi-Knockdown; 不完全敲除，临时性 充满梦想却幻灭的ZFN： 难以完全找到匹配的3连子锌指； Off-target 严重 美国加州大学Dave Segal教授说： “ With zinc fingers, we have to let the DNA tell us where we target” 完美基因靶向操作： 识别特异DNA序列+操作DNA的酶 现在是65页\一共有93页\编辑于星期五 细菌和古细菌一种不断进化适应的免疫防御机制。 CRISPR/Cas9利用一段小 RNA 来识别并进行有效的靶向DNA剪切。 CRISPR/Cas9 System Clustered regularly interspaced short palindromic repeat 成簇的规律间隔的短回文重复序列. Sorek R. et al. Nat Rev Microbiol. 2008，6( 3) :181-186 现在是66页\一共有93页\编辑于星期五 相似性与一致性 249 MFN-MAI PFGAGAYAQALNQQQAALMASVAQGG 232 I LTSL TLPFS AGAYAQALNQQQTTV I S - -T S GS 注: 红色为一致性氨基酸, 蓝色为可取代氨基酸, 白色为趋 异氨基酸. 一致性氨基酸百分比为红色氨基酸所占的 比例, 相似性氨基酸百分比为红色和蓝色氨基酸相加 所占的比例. 现在是30页\一共有93页\编辑于星期五 基因注释软件 1)目前基因注释程序的编写主要依据两种信息内涵: 1.signal terms (信号指令), 如起始密码, 终止密码, 终止信号, 剪接受体位与供体位序列, 多聚嘧啶顺序, 分支点等保守的顺序组成; 2.content terms (内容指令), 如密码子使用偏好. 对结构紧凑的小基因组上述注释软件效果不错,但对大基因组特别是超长基因的注释有很大困难.在一个长度数十或数百kb的内含子中, 存在许多可能误判的信号指令. 2)常用的注释软件如GenScan主要偏重于内容指令, 而FgeneSH则着重于信号指令.由于每种生物都有种属专一性的密码子偏好,也存在某些非保守的信号指令, 因此在超长基因注释中常出现正向错误(false-positive, 多注释)或负向错误(false-negetive, 少注释). 引自: Nature reviews genetics, 4:741-749,2003. 现在是31页\一共有93页\编辑于星期五 不同注释软件之间的效率 Performance of three popular gene prediction programs on 42 semiartificial genomic sequences containing 178 known human gene sequences (900 exons). Sensitivity is percentage of exons that are predicted correctly. Selectivity is percentage of predicted exons that are correct. Reproduced with changes from Yada et al., 2002 Cold Spring Harbor Genome Sequencing and Biology Meeting, May 7-11, 2002. FGENESH is by far the most accurate of three programs. 效率与准确率比较 ------------------------------------------------------------------------------------------ program