生物信息学与生物芯片技术.pptxVIP

生物信息学与生物芯片技术;主要内容;生物芯片技术是20世纪90年代中期以来影响最深远的重大科技进展之一，是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的高度交叉的新技术，具有重大的基础研究价值，又具有明显的产业化前景。 ; 1995年秋天，在斯坦福大学做博士后的Mark Schena(M.谢纳）等人在Science杂志上发表论文，第一次成功地应用了基因芯片技术对拟南芥的基因表达进行了分析。标志着基因芯片进入了广泛应用的新阶段。 Mark Schena, Dari Shalon, Ronald W. Davis, and Patrick O. Brown. Quantitative Monitoring of Gene Expression Patterns with a Complementary DNA Microarray. Science , 1995: 467-470. ;生物芯片:是将生物分子(寡聚核苷酸、cDNA、基因组DNA、多肽、抗原、抗体等) 固定于硅片、玻璃片、塑料片、凝胶、尼龙膜等固相介质上形成的生物分子点阵。;生物芯片;§7.1 基因芯片原理与应用;一、基因芯片基本原理;DNA微阵列（microarray）;第10页/共50页;Affymetrix公司（昂飞） 由美国著名科学家斯蒂文?弗尔多博士(Stephen Fodor)在1992年创办,总部位于美国加利福尼亚州硅谷。公司于1996年在美国纳斯达克(NASDAQ)上市。公司在加州首府Sacramento、Emeryville、波士顿、英国伦敦、日本东京、新加坡都设有分部。 昂飞是生物芯片产业的先驱，公司长期与美国国立卫生研究院、斯坦福大学、麻省理工、哈佛、耶鲁、加州大学伯克利等世界知名院校和研究所合作,在生物芯片行业中始终处于国际领先地位。;;博奥生物 /;mRNA表达谱芯片服务内容：39个物种;;（一）基因芯片设计;根据探针的类型和长度，基因芯片可分为两类。 其中一类是较长的DNA探针（?100mer）芯片 这类芯片的探针往往是PCR的产物，通过点样方法将探针固定在芯片上，主要用于mRNA的表达分析。 另一类是短的寡核苷酸探针芯片 其探针长度为25 mer左右，一般通过在片（原位）合成方法得到，这类芯片既可用于mRNA的表达监控，也可以用于核酸序列分析。;根据探针标记方法，基因芯片也可分为两类;一是在片合成法 　　在片合成法是基于组合化学的合成原理。在片合成法制备DNA芯片的关键是高空间分辨率的模板定位技术和固相合成化学???术的精巧结合。 另一种方法是点样法 　　首先按常规方法制备cDNA（或寡核苷酸）探针库，然后通过特殊的针头或微喷头, 分别把不同的探针溶液，逐点分配在固相基底表面上的不同位点,并通过物理或化学的结合使探针被固定于芯片的相应位点。 ;（三）样品制备及芯片杂交;杂交：;（四）杂交信号检测;三、生物信息学在基因芯片中的应用;（一）药物筛选和新药开发 ;（二）疾病诊断 ;（三）环境保护 　　在环境保护上，基因芯片也广泛的用途，一方面可以快速检测污染微生物或有机化合物对环境、人体、动植物的污染和危害，同时也能够通过大规模的筛选寻找保护基因，制备防治危害的基因工程药品、或能够治理污染源的基因产品。 ;　　基因芯片技术可以用来筛选农作物的基因突变，并寻找高产量、抗病虫、抗干旱、抗冷冻的相关基因，也可以用于基因扫描及基因文库作图、商品检验检疫等领域。目前该类市场尚待开发。 ;（六）研究领域;2　DNA序列突变检测分析;第30页/共50页;3 SNP分析;4、基因表达分析 基因表达是以基因的DNA为模板进行mRNA转录和蛋白质翻译合成的过程，各种基因的表达存在差异，一种组织中不同基因表达水平的差异可达1万倍。功能基因研究的一种重要的方法就是采用高通量基因表达检测技术，全面分析基因的表达水平，了解基因的功能。 ;第33页/共50页;5、寻找新基因;§7.2 蛋白质芯片原理与应用;蛋白质芯片的提出; 尽管还存在许多问题, 2000年秋天, Schreiber小组展示了他们可以制造高密度蛋白质芯片并且保持蛋白质成键能力的技术。 ;　　蛋白芯片技术的基本原理是将各种蛋白质有序地固定于滴定板、滤膜和载玻片等各种载体上成为检测用的芯片；然后，用标记了特定荧光抗体的蛋白质或其他成分与芯片作用，经漂洗将未能与芯片上的蛋白质互补结合的成分洗去；再利用荧光扫描仪或激光共聚焦扫描技术，测定芯片上各点的荧光强度，通过荧光强度分析蛋白质与蛋白质之间相互作用的关系，由此达到测定各种蛋白质功能的目的。;;1）保持蛋白质的活性。 2）保证蛋白质正确定位。 3）与现存的mRNA芯片研究工具要相兼容。 4）缺乏与PCR等价的蛋白质扩增技术，因而对低