蛋白质分析概述.pptxVIP

第1页/共43页蛋白质分析概述第2页/共43页生命科学的主要研究对象DNAGenome “Genomics”Transcriptome “Transcriptomics”RNAProteome “Proteomics”ProteinMetabolome “Metabonomics”Metabolism第3页/共43页基因组学基因组: 一种生物体或个体细胞所具有的一套完整的 基因及其调控序列。基因组学：研究基因组的结构组成、时序表达模式和功能，并提供有关物种及其细胞功能的进化信息。特点：细胞中全部基因及非编码区的整体性考察和系统性研究。揭示基因与基因间的相互关系、基因与非编码序列的关系、基因与基因组的关系。第4页/共43页转录组学转录组:广义指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义指所有mRNA的集合。转录组学：对转录水平上发生的事件及其相互关系和意义进行整体研究的一门科学。 第5页/共43页蛋白质组学蛋白质组:一个细胞、一个组织或一个机体的基因组所表达的全部相应的蛋白质。蛋白质组学:从整体水平上研究细胞内蛋白质组成及其活动规律的一门科学。研究目的: 对细胞内各种蛋白质的识别与定量化,确定它们的细胞内外的定位、修饰、相互作用、活性及其功能。第6页/共43页蛋白质组学分类表达蛋白质组学(Expression proteomics) 又称定量调节蛋白质组学（quantitative regulation proteomics), 研究在整体水平上研究生物体蛋白质表达的变化。细胞谱蛋白质组学(Cell-map proteomics) ?又称结构蛋白质组学 (structural proteomics)，研究蛋白质在细胞内行为、运输和相互作用。 功能蛋白质组学（functional proteomics)以特定时间、特定环境和实验条件下基因组活跃表达的蛋白质研究对象。 第7页/共43页蛋白质组学与基因组学的比较相同点: 都属于整体概念, 蛋白质组是基因组的反映，但不是一个基因组的直接产物。不同点:基因组: 1.均一性和完整性 2.非常稳定，不易发生改变 蛋白质组: 1.特殊性和多样性 2.可变性，高度动态第8页/共43页代谢物组学代谢组：指某一生物或细胞在一特定生理时期内所有的低分子量代谢产物。代谢物组学：定量描述生物内源性代谢物质的整体及其对内因和外因变化应答规律的科学。基因组学和蛋白质组学告诉你什么可能会发生，而代谢组学则告诉你什么确实发生了。第9页/共43页人类蛋白组数量第10页/共43页蛋白质组学研究策略穷尽法：采用高通量的蛋白质组研究技术，力图查清生物体内的一切蛋白。差异法：寻找和筛选有意义因素引起不同群体样本间差异蛋白谱，揭示细胞对此因素的反应途径、进程与本质，同时获得对某些关键蛋白的认识和功能分析。第11页/共43页蛋白质组信息学整体框架第12页/共43页蛋白质鉴定的发展史? 传统的蛋白质鉴定基于1950年Edman 提出的Edman降解法进行氨基酸测序。? 1980年，Shimonishi等将质谱和Edman降解法结合对肽段混合物进行测 序，并针对该方法开发了相应的计算程序? 1984年，Sakurai等基于全面搜索模式（穷举法）发展了自动化的从头 （de novo）肽段测序算法，一些改进的算法也陆续出现，如局部法 （图论法）把质谱峰转化成质谱图中的节点，通过构建最佳路径寻找 氨基酸序列，大大提高了从头测序的效率? 上世纪80年代末，电喷雾电离（ESI）和基质辅助激光解吸电离 （MADIL）两种“软电离”技术的出现，使得蛋白质等生物大分子的 质谱鉴定成为可能。? 90年代以后，利用肽质量指纹（PMF）、串联质谱（MS/MS）数据和 序列标签法，搜索已知蛋白质序列鉴定蛋白质的算法和软件相继出现， 蛋白质组学研究得到飞跃发展。? 随着国际人类基因组计划的完成，蛋白质序列数据库逐渐完善，串联 质谱和数据库搜索结合来鉴定蛋白质，可以满足蛋白质组学研究高通 量、自动化的要求，成为人类蛋白质组表达谱研究的重要方法之一。第13页/共43页蛋白质组研究的基本技术路线第14页/共43页样品分离凝胶电泳（1D Gel 、2-DE)色谱技术（液相色谱、毛细管电泳）第15页/共43页一维凝胶电泳（1D Gel）第16页/共43页二维凝胶电泳（2-DE）第17页/共43页二维凝胶电泳（2-DE）第18页/共43页双向荧光差异凝胶电泳第19页/共43页2-DE的缺点2-DE的优点一次可分离上千种10～100 kD分子量的蛋白质2. 高分辨率3. 便于计算机分析处理 -蛋白质定位、等电点、分子量的鉴定-蛋白质的定量-建立蛋白质数据库-不同的图谱可进行比较和分析4. 与分析