生物信息学示例.pptxVIP

第1页/共31页生物信息学示例第2页/共31页GW 基本流程1. 获得相同基因家族的序列2. 获得保守domain3. 建库并使用已获得的保守domain进行同源 性搜索4. 根据搜索结果提取相应序列5. 使用pfam和smart进行验证并剔除不保守序 列6. 剔除重复序列7. 相似性比对构建进化树第3页/共31页如何获得相同基因家族的序列？查文献，例如找做水稻或拟南芥相同家族 的文献，使用文献中列出的序列2. 查网站，例如某网站已列出水稻或拟南芥相应家族的序列，便可下载使用OsIBCD003925 MMGSGMPHMYFASSSHGTGAHYQSPGGAPITMAVPDMGFLVAGIGMAPSSFVMPEGALAASYSAMATVPVGVVVPQQQSSRFGGNNGNPGSFKGAWTRQEDEVLKQMVILHGDRKWATIAKSLPGRIGKQCRERWTNHLRPDIKKDVWTEEDDRMLIEAHKTYGNRWSVIARCLPGRSENAVKNHWNATKRSLKSKRRMKKKSVQVVNSPPGQLSPLEEYIRSQYPSAVETTPLPPAVPAPPSDVIVHGAGSVSAGPTVATQEPTGTNPSEMGIYLGLGNPAGPTTQQLAAMNLNMSLAPDLNAYNDQREGYYLPFVPQGNLHYGMHVPAPPVQQQQQQGISVDQGLHSSCLSLYHPFPGTHPVSLDFGCQSSNHANAGGYYSEAGPSSGSGSGDPDDVD VIQMASRQFLMPSEAEVTLDLTRFK 第4页/共31页如何获得保守domain序列？查pfam（http://pfam.sanger.ac.uk/http://pfam.sanger.ac.uk/）第5页/共31页搜索结果保守domain名称复制保守domain序列第6页/共31页如何构建数据库？dnatools 软件的应用 第7页/共31页构建蛋白数据库构建核酸数据库第8页/共31页如何进行同源性比对搜索？粘贴pfam得到的保守domain序列，并且格式化格式化第9页/共31页参数设置第10页/共31页获得比对结果保存比对结果2. 抽提相应的基因 序列，进一步验证 是否含有保守domain3. 如果所有得到的基 因数目数目是80且都 有保守domain，则要 删除这80个基因重新 建库，再次搜索以穷尽 所有可能基因第11页/共31页如何根据得到的gene名获得相应的序列？UltraEdit 软件的使用使用UltraEdit 打开库文件第12页/共31页使用搜索功能并复制基因名第13页/共31页将得到的每个序列分别存入文本文档第14页/共31页如何验证搜到的基因是否具有保守domain？Search pfam database （ http://pfam.sanger.ac.uk/http://pfam.sanger.ac.uk/）2. Search smart database （http://smart.embl-heidelberg.de/）第15页/共31页如何将候选基因进行基因组定位？染色体起始位置结束位置第16页/共31页定位作图软件MapInspect的使用第17页/共31页第18页/共31页第19页/共31页文件格式几号染色体基因在染色体上的位置（Mb）染色体长度（Mb）第20页/共31页如何剔除重复序列？ 重复序列定位在基因组中相同的位置，并且序列同源性很高 看这些基因的起始和结束位置可一样（相差一百bp以内），使用同源性比对软件（Mega、ClusterX等）对所有序列进行比对，保留较长的并且domain保守的序列，剔除较短的序列。第21页/共31页第22页/共31页如何构建进化树？Mega 4.0 软件的使用首先进行序列比对第23页/共31页ClusterW 同源性比对第24页/共31页NJ法构建进化树第25页/共31页第26页/共31页如果同源性差不能用Mega软件构建进化树怎么办？可尝试使用ClusterX软件进行同源比对构建进化树基本界面第27页/共31页导入序列第28页/共31页序列比对第29页/共31页构建进化树第30页/共31页用Mega打开树文件 *.phb第31页/共31页感谢观看！