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日本血吸虫基因组工作框架图讲述第1页/共15页第2页/共15页科技部 “863” 计划重大专项科学院 “知识创新工程”重要方向项目上海市 “基础研究”重大项目 联合攻关项目承担单位： 国家人类基因组南方研究中心 中国CDC 寄生虫病预防控制所参加单位： 上海生物信息技术研究中心 上海交通大学医学院 复旦大学生命科学院 中国科学院上海生命科学研究院 中国科学院北京基因组研究所 中国农科院家畜寄生虫病研究所 生物芯片上海工程研究中心第3页/共15页世界性的寄生虫疾病流行于76 国家和地区，主要为发展中国家感染人数 2.5 亿，威胁人群 5-6 亿死亡人数 1.5-2 万/年，重症和伤残病人 2 千万人WHO重点控制的寄生虫病之一第4页/共15页血吸虫病 －中国最严重的寄生虫疾病之一2000多年的历史20世纪50年代初，流行与沿长江流域的12省、区、市，1亿人口受威胁，1160万人受感染7个省仍有血吸虫病流行第5页/共15页近年全国血吸虫病疫情出现上升趋势● 局部传播严重 ● 新疫区增加 ● 逐步向城市蔓延第6页/共15页2004年2月，国务院成立了血吸虫病防治工作领导小组● 由国务院副总理吴仪任组长。● 强调要抓住源头，综合治理，依靠科技进步，加快防治药品开发，增加药品产量，提高药品质量，为人民群众提供高效、低毒、廉价的防治药物，坚决遏制血吸虫病疫情回升势头。第7页/共15页2004年5月，全国血吸虫病防治工作会议：● 胡锦涛主席重要指示：做好血吸虫病防治工作关系到人民的身体健康和生命安全，关系到经济社会发展和社会稳定。● 吴仪副总理要求：再经过七八年的努力，力争在全国基本控制血吸虫病。第8页/共15页所面临的问题预防● 群体化疗和有限的钉螺控制，难以有效地阻断传播和控制人群的反复感染● 候选疫苗有效保护率低下（30－40％）诊断● 粪便检查的依从性下降,大量人群的粪检费时费力● 依然缺乏快速、简便、准确的检测现症感染及疗效考核的方法治疗● 单一药物：吡喹酮● 潜在的药物耐受性耕牛感染的控制● 80%的传播归因于耕牛● 耕牛化疗的覆盖率低第9页/共15页国际血吸虫基因组研究计划 日本血吸虫 曼氏血吸虫转录组 EST84,449/14,963 163,586/30,988蛋白质组 蛋白质3200基因组 南方中心,寄生虫病所 TIGR/Sanger Inst. 覆盖率6X 7X第10页/共15页Fosmid ±40 kb测序战略－全基因组随机测序法文库构建基因组 DNA测序基因组序列组装染色体BAC ±100kbPlasmid 2- 10 kb第11页/共15页全基因组测序和拼装克隆文库序列数平均序列长度bp序列总长度bp (Q20)覆盖率XPlasmid-S2,029,1587021,116,678,3094.14Plasmid-L1,188,934580577,869,8762.14Fosmid40840,9870.07BAC70045,7420.14总计3,329,0786581,751,434,9146.49序列拼装个数长度 (N50)bp总长Mb基因组％Conig (2kb)52,7726,399285.883.2Total Contig10,51815,362343.7100SuperContigs(25k)2,513200,282290.881SuperContigs(8.8k)4.689176,311323.890Total SuperContigs21,651151,707359.6100第12页/共15页 日本血吸虫基因组工作框架图基因组转 录 组生物信息学蛋白质组重要功能基因寄生虫的基本生物学 特征2. 与宿主的相关关系3. 生物界中进化的过程线索:诊断疫苗新药第13页/共15页日本血吸虫基因组工作框架图序列公布我国首次对一个人体寄生虫进行全基因组测序 正式向上海市研发公共服务平台生命科学与生物技术数据中心提交向全世界公布共计300多万个DNA序列数据和序列拼装数据血吸虫病及其他寄生虫病相关研究机构和科学家共享这一研究成果第14页/共15页谢 谢！第15页/共15页感谢观看！这个项目早在上世纪末本世纪初，由我们南方中心主任陈竺院士、寄生虫所冯正研究员和国内几位专家已开始酝酿，推动、组织。最后由国家科技部、中国科学院和上海市联合支持，正式立项。日本血吸虫基因组研究得以全面展开。这个项目由…… 同时在后期应用研究中， 得到湖北省、江西省和四川省血防系统的支持和参与。我们知道血吸虫病是次于xx 的最严重的寄生虫病，流行我们根据我们国家的实际情况，首先从投入较少的日本血吸虫转录组入手，短时间内较快地获得日本血吸虫不同生活周期和性别的基因表达序列和基因表