R语言实现Alpha多样性指数的计算.pdfVIP

RR语语⾔⾔实实现现AAllpphhaa多多样样性性指指数数的的计计算算 上次我们已经使⽤R语⾔来对OTU 的抽平分析，那么我们如何使⽤抽平后的OTU 来重新计算Alpha多样性呢？接下来我们就来学习⼀下。 不过你可能会说，这个不是测序公司都计算好了吗，⽽且还可以⽤qiime软件，为啥还要使⽤R，因为有些测序公司并没有帮你抽平，再⼀个我使 ⽤R语⾔⽐较多，如果你会使⽤其他软件当然更好。欢迎你与我分享⼀下。 11 所所需需的的数数据据类类型型 这⾥我们需要使⽤到两个数据集 ：⼀个是经过抽平分析处理后的otu （如果不会抽平分析的可以查看该⽂章 ； 另外⼀个数据集是使⽤各OTU代 序列构建的进化树⽂件 “otu_tree.tre”。 抽平分析后得到的otu ： （当然你也可以选择不抽平） image image 计算每⼀种Alpha多样性指数都会⽤到otu ，但是对于otu_tree.tre⽂件，只⽤于计算谱系多样性。 22 使使⽤⽤RR语语⾔⾔计计算算常常⽤⽤的的AA llpphhaa多多样样性性指指数数 我们接下来会使⽤到两个包，⼀个是vegan包，另⼀个是picante包。如果没安装这两个包，需要提前安装好。 vegan包可以⽤来计算多种Alpha多样性指数，例如这次我们要学习计算的物种丰富度 （Richness）、Chao 1指数、 ACE指数、Shannon指数、Simpson指数等。 谱系多样性 （即PD_whole_tree）需要使⽤picante包，该多样性除了物种丰富度数据外还需要进化树⽂件。 22.. 11 加加载载包包 以以及及数数据据集集 #设置⼯作 ⽬录 setwd(D:/R_wenj i/06-微信公众号/2 1_ 07_ 05) #需要加载vegan包和picante包，没有安装需要先安装 lib a y(vegan) lib a y(picante) #读⼊抽平后的otu otu - ead .delim(otu.txt, ow .names = 1, sep = \t, st ingsAsFacto s = FALSE, check.names = FALSE) #将otu数据转置 otu - t(otu) #加载进化树⽂件 t ee - ead .t ee(otu_t ee.t e) image 22..22 计计算算--物物种种丰丰富富度度 RRiicchhnneessss 指指数数 ，，⼜⼜称称oobbsseerrvveedd ssppeecciieess 指指数数 #计算⽅法⼀ ： obse ved_species - owSums(otu 0) #计算⽅法⼆： obse ved_species - estimateR(otu)[1, ] #输出查看结果 obse ved_species image 22..33 计计算算 CChhaaoo 11指指数数 Chao 1 - estimateR(otu)[2, ] Chao 1 image 22..44 计计算算AA CCEE 指指数数 ACE - estimateR(otu)[4, ] ACE image 22..55 计计算算SShhaannnnoonn指指数数 #Shannon 指数,通常使⽤2、e作为底数 # 以e作为底数 ⽰⽅法 Shannon - dive sity(otu, i