【实验资源】转录组实战讲解之转录本构建和长非编码RNA鉴定.pptVIP

27 28 区分编码非编码的工具 已有的区分编码RNA和非编码RNA的工具 CPC 算法基于预测基因的开放阅读框 特点：模型不能跨物种，不适用高通量测序得到的RNA PhyloCSF 算法基于物种间的保守性 特点：依赖于基因组，计算耗时 CNCI 算法基于二联密码子频率 特点：可以扩物种预测，人的模型能用其它各种动物上 24 CNCI:基于二联密码子对出现频率 25 编码RNA 非编码RNA 密码子 密码子 二联密码子对 RNA 密码子　4*4*4 = 64 种 二联密码子对　64*64 步骤三：转录本的构建 构建流程详解 转录本构建效果评估 步骤四：长非编码RNA的鉴定 鉴定流程详解 关键:如何判断编码或是非编码基因 附录：运行命令 运行命令汇总(一) cufflinks –o cufflinks_outdir_N tophat_outdir_N/accepted_hits.bam 1, 转录本构建： cufflinks –o cufflinks_outdir_P tophat_outdir_P/accepted_hits.bam cufflinks –o cufflinks_outdir_M tophat_outdir_M/accepted_hits.bam cufflinks –o cufflinks_outdir_V tophat_outd