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生物分子数据库;第一节 引言;生物分子数据库应满足5个方面的主要需求
(1)时间性
(2)注释
(3)支撑数据
(4)数据质量
(5)集成性 ;生物分子数据库
一级数据库
数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据,只经过简单的归类整理和注释
二级数据库
对原始生物分子数据进行整理、分类的结果,是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的 。;生物分子数据库几个明显的特征:;第二节 核酸序列数据库;核酸序列数据的增长趋势
(纵轴代表总的核酸序列长度,单位:百万bp);;;;“ID”为序列的标识符行,包括登录号、类型,分子的长度 ;提交数据;;EMBL提供一些与序列相关的检索操作(基于3W服务器);例如:
登录号为J00231的核酸序列具有这样一个交叉索引行:;2、基因组数据库(GDB) ;与染色体相关的信息;其它模式生物基因组数据库
如:鼠基因组数据库 MGD
(/)
酵母基因组数据库 SGD
(/Saccharomyces/);Ensembl (/);Ensembl 数据库结构图 ;Ensembl提供多种查询方式
通过关键字查询
用BLAST进行相似序列的搜索
另一种更直观的方式是显示各染色体
用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点, 逐层放大
浏览整个基因组;;人的第9号染色体及大鼠对应的染色体片段;4、表达序列标记数据库dbEST;5、序列标记位点数据库dbSTS;6、面向基因聚类数据库UniGene;第三节 蛋白质序列数据库;除了蛋白质序列数据之外,PIR还包含以下信息:
(1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源;
(2)关于原始数据的参考文献;
(3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征,包括基因表达、翻译后处理、活化等;
(4)序列中相关的位点、功能区域。;PIR提供三种类型的检索服务:
一是基于文本的交互式查询,
用户通过关键字进行数据查询。
二是标准的序列相似性搜索,
包括BLAST、FastA等。
三是结合序列相似性、注释信息
和蛋白质家族信息的高级搜索,
包括按注释分类的相似性搜索、
结构域搜索等。;三个子数据库;2、SWISS-PROT ; (1)注释
在SWISS-PROT中,数据分为核心数据和注释两大类。
核心数据包括:
序列数据、参考文献、分类信息(蛋白质生物来源的描述)
注释包括:
(A)蛋白质的功能描述;
(B)翻译后修饰;
(C)域和功能位点,如钙结合区域、ATP结合位点等;
(D)蛋白质的二级结构;
(E)蛋白质的四级结构,如同构二聚体、异构三聚体等;
(F)与其它蛋白质的相似性;
(G)由于缺乏该蛋白质而引起的疾病;
(H)序列的矛盾、变化等。;(2)最小冗余; 提交序列数据
(a)编辑电子表格
(b) 利用Authorin程序
(c)WWW服务器
使用SWISS-PROT
(a)CD-ROM形式
(b)ftp服务器
(c)Gopher服务器
(d)WWW服务器(SRS)
与序列相关的操作
(a)序列查询
(b)搜索同源蛋白质序列 ;TrEMBL (http://www.ebi.ac.uk/trembl/index.html) 是与SWISS-PROT相关的一个数据库。
包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列,并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。
TrEMBL有两个部分:
(1)SP-TrEMBL(SWISS-PROT TrEMBL)
包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据,所有的SP-TrEMBL 序列都已被赋予SWISS-PROT的 登录号。
(2)REM-TrEMBL(REMaining TrEMBL)
包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据,因此这部分数据都没有登录号。
;
包括:
Swiss-Prot
TrEMBL
PIR
用户可以通过文本查询数据库,可以利用BLAST程序搜索数据库,也可以直接通过FTP 下载数据。;
UniProt包含3个部分:
(1)UniProt Knowledgebase(UniProt)
蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心
(2)UniProt Non-redundant Reference(UniRef)数据库
将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中
以便提高搜索速度;
(3)UniProt Archive(UniParc)
资源库,记录所有蛋白质序列的历史
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