山大生物信息学课件07蛋白质三维结构预测.pptVIP

蛋白质结构 --- 四级结构 如何获得蛋白质四级结构 蛋白质相互作用数据库STRING: 诱发神经系统退行性病变的淀粉样蛋白（Amyloid-protein，A）是蛋白质序列相同但四级结构不同而诱发疾病的典型代表。阿尔茨海默病（Alzheimer disease，AD ）：在AD发生过程中出现淀粉样蛋白。A是由特殊水解酶对其前体蛋白的水解作用产生的。A有两种构象，一种为螺旋且可溶而存在于健康个体脑组织，此类A为单体没有四级结构；另一种为片层且是多个A聚集形成的链间片层，此类A不溶且出现在AD患者脑组织。诱发A从可溶螺旋转变成不溶片层聚集体的机制不清，但已广泛被证实这种构象转变是AD的重要诱因。 可溶螺旋构象 聚集的片层构象 PDB ID：1ZOQ PDB ID：2NNT 蛋白质结构 --- 四级结构 蛋白质异常聚集导致的疾病 尝试所有可能的结合形式，并根据打分函数给每种形式打分排名。 打分函数考虑如下因素： 形状互补 亲疏水性 表面电荷分布 蛋白质结构 --- 四级结构 如何获得蛋白质四级结构 3. 分子对接（docking）：蛋白质-蛋白质 分子对接 两种蛋白质-蛋白质分子对接： Rigid Docking 刚性对接 --- 目前可用的大多数软件为刚性对接。 Flexible Docking 柔