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云粳系列水稻品种分子身份证的构建 独特的自然环境为云南省丰富的水稻资源创造了丰富的自然因素。同时，多样性的民族文化不断促进水稻资源的丰富和发展，使云南省成为中国水稻遗传多样性的中心。 传统的品种鉴定方法为田间种植鉴定, 主要依据形态学性状对品种进行鉴别区分。DNA分子标记技术由于不受环境条件的影响, 可从分子水平上对品种的遗传特异性进行快速、准确地鉴定, 克服了传统形态标记鉴定周期长、误差大、性状差异小的缺点 作物分子身份证是品种特异识别的一个标准, 以分子标记的多态性检测手段为基础, 将DNA指纹进行数字化编码赋值 本研究以云南省农业科学院选育的35份云粳系列水稻品种为研究材料, 采用SSR分子标记技术和荧光测序技术建立云南省粳稻品种指纹图谱, 筛选最佳引物组合, 构建35份云粳系列水稻品种的分子身份证, 以期用最简引物组合实现品种的最大程度区分, 减少繁复的工作量和高昂的检测成本, 为云粳系列水稻品种的快速识别提供依据。 1 材料和方法 1.1 试验材料 选取云南省7个育种单位近年来育成的163份粳稻品种、品系作为试验材料, 其中包括35份云粳系列水稻品种。 1.2 芽播种、育苗 每份试验材料取100粒种子, 经催芽播种于苗床上, 在塑料大棚内进行育苗。当幼苗长到四叶一心时, 混合取20个单株的叶片, 用改良的CTAB法 1.3 析仪检测 依据国家农业行业标准 扩增产物在毛细管荧光电泳系统AB 3730XL DNA分析仪 (Applied Biosystems, USA) 上检测。用GeneMapper Ver.3.7 (Applied Biosystems, USA) 对原始数据进行统计和校正, 读出每个位点每个样品的等位变异片段大小数据。 1.4 ssr指纹聚类分析 用POWERMARKER Version3.25软件分析供试材料指纹图谱数据, 获得引物多态性, 并按非加权配对法 (UPGMA) 采用Nei’s遗传距离进行聚类分析。筛选出鉴别云粳系列水稻品种的核心引物, 读取云粳系列水稻品种的核心SSR荧光标记的指纹数据, 并对指纹数据进行数字化编码。再结合品种的基本信息利用二维码生成软件将编码字符串转化成每份材料独特的条码标识即分子身份证。 2 结果 2.1 云县系列水稻品种ssr标记多态性及多样性分析 用30对SSR引物, 对163份粳稻品种进行遗传多样性检测。检测结果 (表1) 表明, 30个多态性位点共检测到等位基因207个, 每对引物等位基因变幅为2~17, 平均等位基因数为6.6。基因多样性指数变异范围为0.024 4~0.823 9, 平均为0.479 8;多态信息含量 (PIC) 的变异范围为0.02~0.80, 平均为0.44。其中, 在RM8277、RM336、RM72、RM297和RM219等位点所检测到的多态信息指数较大。 分子身份证的构建既要满足唯一性和可识别 (鉴别) 性, 又要满足最简引物组合的要求, 否则将会造成构建的分子身份证过于冗繁。因此, 有必要单独对云粳系列水稻品种的指纹图谱进行分析, 筛选可以区分供试品种的最简引物组合。云粳系列水稻品种SSR标记多态性分析结果 (表2) 显示, 30对SSR引物在35份材料中共检测到等位基因133个, 每对引物检测到的等位基因数为1~9个, 平均为4个。基因多样性指数变异范围为0~0.74, 平均为0.40;多态信息含量 (PIC) 的变异范围为0~0.72, 平均为0.36。在RM8277、RM336、RM1、RM551、RM219、RM1306和RM254等位点所检测到的遗传多样性参数值较大。对比表1和表2可知, 对于不同的群体, 引物的多态信息含量指数差异较大。 2.2 鉴别云县系列水稻品种 用1对SSR引物难以将全部云粳系列水稻品种分开, 因此选取多态性信息含量较高的引物 (RM8277、RM336、RM551、RM219、RM254、RM1) 6对两两组合, 分析其对云粳系列水稻品种的区分率。RM336和RM551引物组合分辨率最高, 可以区分17个品种;其次是RM551和RM1引物组合, 可以区分16个品种;再次是RM336和RM219引物组合, 可以区分15个品种。根据2对引物组合的区分结果, 继续增加引物组合的数量。在增加到5对引物时, 可将全部云粳系列水稻品种区分开来, 5对引物为RM8277、RM336、RM551、RM254、RM1。用以上5对引物对供试的163个云南粳稻品种进行分析, 该组引物能把云粳系列品种与其他粳稻品种区分开来。于是利用这5对引物构建云粳系列品种的分子身份证, 既满足唯一性和可识别 (鉴别) 性, 又满足了最简引物组合的要求。 2.3 水稻品种ssr扩增的顺序 利用可将全部供试云粳系列水稻品种区分的