《基于转录组测序的菠萝蜜抗寒基因挖掘技术规范》编制说明.pdfVIP

广西热带作物学会团体标准 《基于转录组测序的疲萝蜜抗寒基因挖掘技术规范》 编制说明 一、项目来源 根据《广西热带作物学会关千下达2023 年第—批团体标准制修 订项目计划的通知》 （桂热学字 (2023) 1 号），由广西壮族自治区 亚热带作物研究所杜英俊主持承担《基千转录组测序的疲萝蜜抗寒基 因挖掘技术规范》 （项目编号 GXTC-2023-0005) 的制定工作。计划 执行时间为 2022 年9 月至2023 年 12 月。标准主要起草单位为广西 壮族自治区亚热带作物研究所。 二、项目背景及目的意义 果树在生长发育过程常受到生物胁迫或者非生物胁迫，其 中低温胁迫（包括冷胁迫和冻胁迫）是影响树体生长发育与地 理分布的重要非生物胁迫因素之—，会导致果实产量与品质的 下降，严重时会使树体死亡。因此，提高果树抗寒性是促进果 树产业高质量发展的重要课题。疲萝蜜(Artocarpus heteroyllus L am.）是世界上单果重量较大的水果，—般重达5-20kg, 最重超 过50kg, 加之果实肥厚柔软，清甜可口，香味浓郁，营养丰富， 被誉为“热带水果皇后＇，在市场上颇受欢迎。疲萝蜜是热带 果树，分布在热带和部分亚热带地区，在温暖湿润的热带和南 亚热带气候条件下生长良好，周年生长最适宜温度范围 20-30° C。但如果引种地温度低于 10°c, 容易发生寒害，广西冬季温度时常 达到 10°c 以下，低温冷害是限制广西乃至整个亚热带地区疲萝 蜜产业发展的重要因素之—。近年来，广西疲萝蜜产业规模不 断扩大，培育抗寒性强的疲萝蜜品种是生产上亟待解决的问 题，但传统育种方法需要投入大量的时间和精力以获得抗性较 强的品种，传统育种方法培育的新品种耐寒性不足。利用现代 分子育种方法，发掘和利用优异抗寒基因资源，提高优异抗寒 品种选择效率，是加快培育优异疲萝蜜抗寒新品种的有效途 径。因此，制定基千转录组测序的疲萝蜜抗寒基因挖掘技术规 范，挖掘疲萝蜜抗寒关键基因，探究疲萝蜜应答冷害胁迫的分 子机制，对疲萝蜜抗寒改良和耐寒良种选育具有重要指导意 义，同时对疲萝蜜产业向亚热带地区发展具有深远意义。 三、标准编制过程，包括标准制修订项目工作组的建立和开 展的相关工作 主要完成内容 时间 完成不同耐寒性品种的疲萝蜜转录组测序和 2022 年 12 月 1 日前 生物信息学分析，并对技术示范验证。 根据通知要求将团体标准制修订项目建议书 2023 年2 月 31 日前 上报。开始组织有关人员成立标准制修订项目 工作组。 标准制修订项目工作组形成初稿。初稿经小组 2023 年7 月 15 日前 讨论修改后，形成征求意见稿和编制说明，并 上报征求意见。 四、标准主要章节内容及确定依据 1. 标准的主要章节内容 本标准规定了基于转录组测序的疲萝蜜抗寒基因挖掘的内容和 框架，其主要包括：试验品种选择与使用、转录组测序流程 (RNA 提取、 RNA 检测、文库构建、文库质检、上机测序）、生物信息学 分析（测序数据及质量控制、转录本拼接、基因功能注释、 CDS 预 测、基因表达定量、差异基因筛选、差异表达基因功能注释和富集分 析、转录因子注释）。 2. 试验验证及工作基础 2.1 自然低温冷害胁迫下不同品系疲萝蜜品系表型观察 2022 年2 月 19 日－24 日出现持续低温，其中环境气象自动监测 系统 (RR-9150, 北京雨根科技有限公司）监测的气温，日最低气温 3°c ，日最高气温 15°C ；温度记录仪(COS-04, 建大仁科）监测疲萝蜜 树冠温度，日最低气温3.5°C, 日最高气温 14°c。 2022 年2 月 25 日 上午，对不同品种疲萝蜜品