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;色素体一至多数,盘状、片状、带状或星状,多数呈绿色,少数种类因具有裸藻红素而呈红色,有的无色。
色素体内有或无蛋白核。副淀粉形状多种,大小不等。
细胞核位于细胞中部。
眼点在鞭毛的基部,呈橘红色,明显。。;;;副淀粉较大,常一至多个,呈环形、假环形、圆盘形、球形、线轴形、哑铃形等各种形状,有时还有一些球形、卵形或杆状的小颗粒。;;;囊壳前端有一圆形的鞭毛孔,鞭毛从此孔伸出(1条鞭毛),领部有或无,有或无加厚的圈,细胞裸露无细胞壁,位于囊壳内,其特征与裸藻属相似。;;;;鳞孔藻属的主要特征是后端多数呈渐尖形或具尾刺,表质硬,细胞形状固定。
表质具线纹或颗粒,纵向或螺旋形排列。
色素体多数,盘状。
副淀粉常为2个,大,环形侧生,或小,圆形、长圆形,分散在细胞内。;;;胶柄藻属(柄裸藻属):单细胞或连成不定形群体或树状群体。
细胞呈椭圆形、纺锤形或椭圆形。
细胞外有一层胶质的包被。;;;变胞藻属(素裸藻属)具1条鞭毛。
细胞形态易变,常为纺锤形或圆柱形,表质具线纹。
营腐生性营养。;
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