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优选人类癌microRNA的计算生物学方法研究的中期报告 摘要： 微小RNA(miRNA)是一类长度为21~25 nt的非编码RNA，多位于细胞核或细胞质中，可通过抑制靶基因的mRNA翻译或促进mRNA降解等方式参与基因表达调控。近年来，越来越多的研究表明，miRNA在肿瘤发生、发展、转移等过程中发挥着重要作用。本研究试图利用计算生物学方法挖掘出与人类癌症相关的miRNA，为深入研究癌症的发生机制和寻找新的治疗靶点提供理论支持。 现阶段已完成的主要工作： 1. 数据收集和处理。本研究选取了miRBase和CancerMiner数据库作为miRNA和癌症相关数据的主要来源。使用Python编程语言获取并整合了这些数据库中的相关信息。 2. 数据清洗和预处理。通过对获取的数据进行去重、格式化等处理，保证了后续分析的准确性和可靠性。 3. miRNA预测。使用TargetScan和miRanda等miRNA预测软件，对人类基因组和miRNA库中的miRNA与基因间的相互作用进行预测和筛选。最终得到了数百个潜在的miRNA靶基因和已知的miRNA-mRNA作用对。 4. 功能注释和通路分析。通过Gene Ontology和KEGG等数据库，对筛选出的miRNA靶基因进行功能注释和通路分析，以探究这些miRNA可能参与的生物学过程和信号通路。 接下来的主要工作： 1. 进一步筛选miRNA。对于已预测出的数百个miRNA-mRNA作用对，将进一步进行筛选和分类，选出与癌症相关性更强的miRNA。 2. 验证预测结果。需要利用实验数据验证预测出的miRNA与癌症相关性以及miRNA靶基因的生物学功能。 3. 深入探究miRNA参与的生物学过程和信号通路。将进一步对已注释的miRNA靶基因进行细致的通路分析，揭示miRNA在肿瘤发生、发展、转移等过程中的作用机制。 预期的研究产出： 1. 筛选出与人类癌症相关的miRNA，为这些肿瘤的进一步研究提供候选靶点。 2. 揭示miRNA在癌症发生和转移等过程中的生物学功能和信号通路，为治疗癌症提供新的思路和靶点。